Căn cứ Khoản 3 Điều 8 Luật Ngân sách nhà nước số 83/2015/QH13 của Quốc hội quy định nguyên tắc chung về quản lý NSNN:

“3. Các khoản thu ngân sách thực hiện theo quy định của các luật thuế và chế độ thu theo quy định của pháp luật.”

Căn cứ Khoản 1 Điều 8 Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 của Quốc hội quy định trách nhiệm của các cơ quan nhà nước trong việc thực hiện thu NSNN:

“Điều 8: Trách nhiệm của cơ quan quản lý thuế

1. Tổ chức thực hiện thu thuế theo quy định của pháp luật...”

Căn cứ Điều 10, Khoản 2 Điều 12 và Điều 15 Nghị định số 203/2013/NĐ-CP của Chính phủ quy định về việc thu, nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản thực hiện theo pháp luật về quản lý thuế và quản lý các khoản thu NSNN:

“Điều 10. Thông báo nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản khi nhận được văn bản phê duyệt tiền cấp quyền khai thác khoáng sản, chậm nhất là 10 (mười) ngày làm việc, Cục thuế địa phương nơi có khu vực khoáng sản được cấp phép khai thác ra thông báo nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản theo Mẫu số 04 tại Phụ lục II kèm theo Nghị định này, gửi tổ chức, cá nhân được cấp quyền khai thác khoáng sản

“Điều 12. Phương thức nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản

2. Tổ chức, cá nhân được cấp quyền khai thác khoáng sản nộp tiền theo thông báo của Cục thuế địa phương. Việc thu, nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản được thực hiện theo đúng quy định về thu và quản lý các khoản thu NSNN.”

“Điều 15. Trách nhiệm của các cơ quan trong công tác tính thu tiền cấp quyền khai thác khoáng sản

1. Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam có trách nhiệm:

a) Chủ trì tính, thẩm định số tiền cấp quyền khai thác khoáng sản phải nộp, trình cấp có thẩm quyền phê duyệt; gửi văn bản phê duyệt tiền cấp quyền khai thác khoáng sản theo thẩm quyền cấp phép của Bộ Tài nguyên và Môi trường và số tiền phải nộp trước ngày 31 tháng 12 hàng năm cho Cục thuế địa phương nơi có khu vực khoáng sản được cấp phép khai thác;

b) Kiểm tra, giám sát trong quá trình thi công hệ phương pháp kỹ thuật và các hạng mục công việc được ghi trong Giấy phép thăm dò đối với các khu vực khoáng sản thuộc thẩm quyền cấp phép của Bộ Tài nguyên và Môi trường để đảm bảo độ tin cậy trong xác định trữ lượng và tính tiền cấp quyền khai thác khoáng sản;

c) Kiểm tra, thanh tra về công tác tính tiền cấp quyền khai thác khoáng sản ở các địa phương;

d) Hàng năm báo cáo Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường về công tác thu tiền cấp quyền khai thác khoáng sản trên toàn quốc; tổng hợp và báo cáo Thủ tướng Chính phủ.

2. Sở Tài nguyên và Môi trường cấp tỉnh có trách nhiệm:

a) Chủ trì tính, thẩm định số tiền cấp quyền khai thác khoáng sản phải nộp, trình cấp có thẩm quyền phê duyệt; gửi văn bản phê duyệt tiền cấp quyền khai thác khoáng sản theo thẩm quyền cấp phép của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh và số tiền phải nộp trước ngày 31 tháng 12 hàng năm cho Cục thuế địa phương nơi có khu vực khoáng sản được cấp phép khai thác;

b) Chủ trì xây dựng, điều chỉnh giá tính thuế tài nguyên trình cấp có thẩm quyền phê duyệt và gửi cho Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam trước ngày 30 tháng 10 hàng năm;

c) Kiểm tra, giám sát trong quá trình thi công hệ phương pháp kỹ thuật và các hạng mục công việc được ghi trong Giấy phép thăm dò đối với các khu vực khoáng sản thuộc thẩm quyền cấp phép để đảm bảo độ tin cậy trong xác định trữ lượng và tính tiền cấp quyền khai thác khoáng sản;

d) Hàng năm tổng hợp số liệu về công tác thu tiền cấp quyền khai thác khoáng sản tại địa phương trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, đồng thời báo cáo Bộ Tài nguyên và Môi trường để tổng hợp báo cáo Thủ tướng Chính phủ.

3. Cục Thuế địa phương nơi có các khu vực khoáng sản được cấp phép khai thác chịu trách nhiệm:

a) Ra thông báo gửi tổ chức, cá nhân: Nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản; tiền chậm nộp, tiền phạt theo quy định của pháp luật về quản lý do quá thời hạn ghi trên Thông báo (nếu có).

       b) Cung cấp thông tin liên quan đến nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản cho Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam hoặc Sở Tài nguyên và Môi trường theo thẩm quyền cấp phép biết, theo dõi;

c) Tổng hợp, hạch toán, báo cáo số thu tiền cấp quyền khai thác khoáng sản theo chế độ hiện hành”

Căn cứ các quy định nêu trên, việc xác định nghĩa vụ phải nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản của doanh nghiệp do Tổng cục Địa chất khoáng sản Việt Nam hoặc Sở Tài nguyên và môi trường các tỉnh, thành phố xác định. Trách nhiệm của cơ quan thuế là căn cứ vào văn bản phê duyệt tiền cấp quyền khai thác khoáng sản của cơ quan có thẩm quyền để ra thông báo gửi tổ chức, cá nhân, đôn đốc thu nộp và báo cáo theo chế độ.