Theo quy định tại khoản 2 Điều 20 và khoản 3 Điều 20 Nghị định 88/2010/NĐ-CP, quy trình cấp bằng bảo hộ giống cây trồng được thực hiện theo quy trình sau:

- Sau ba mươi (30) ngày, kể từ ngày quyết định cấp bằng bảo hộ giống cây trồng được công bố trên tạp chí chuyên ngành về giống cây trồng, nếu không nhận được ý kiến phản đối hoặc khiếu nại bằng văn bản về việc cấp bằng, cơ quan bảo hộ giống cây trồng tiến hành cấp bằng bảo hộ giống cây trồng cho người nộp đơn và vào sổ đăng ký quốc gia về giống cây trồng được bảo hộ.

- Trong thời hạn ba mươi (30) ngày, kể từ ngày quyết định cấp bằng bảo hộ giống cây trồng được công bố trên tạp chí chuyên ngành về giống cây trồng, nếu cơ quan bảo hộ giống cây trồng nhận được ý kiến phản đối hoặc khiếu nại bằng văn bản về việc cấp bằng bảo hộ giống cây trồng thì phải xử lý theo quy định về khiếu nại việc cấp hoặc từ chối cấp bằng bảo hộ giống cây trồng.