Căn cứ vào Khoản 1 Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật thuế giá trị gia tăng được sửa đổi bởi Khoản 1 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng và quản lý thuế tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12 tháng 02 năm 2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các Nghị định về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính về hóa đơn bán hàng hóa quy định về đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng:

“1. Sản phẩm trồng trọt (bao gồm cả sản phẩm rừng trồng), chăn nuôi, thủy sản, hải sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.

Các sản phẩm mới qua sơ chế thông thường là sản phẩm mới được làm sạch, phơi, sấy khô, bóc vỏ, xay, xay bỏ vỏ, xát bỏ vỏ, tách hạt, tách cọng, cắt, ướp muối, bảo quản lạnh (ướp lạnh, đông lạnh), bảo quản bằng khí sunfuro, bảo quản theo phương thức cho hóa chất để tránh thối rữa, ngâm trong dung dịch lưu huỳnh hoặc ngâm trong dung dịch bảo quản khác và các hình thức bảo quản thông thường khác.”

Đồng thời, Khoản 5 Điều 5 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật thuế giá trị gia tăng quy định về đối tượng không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng:

“5. Doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản, hải sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng. Trên hóa đơn giá trị gia tăng, ghi dòng giá bán là giá không có thuế giá trị gia tăng, dòng thuế suất và thuế giá trị gia tăng không ghi, gạch bỏ.

Trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho các đối tượng khác như hộ, cá nhân kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng theo mức thuế suất 5% hướng dẫn tại Khoản 5 Điều 10 Thông tư này.

Hộ, cá nhân kinh doanh, doanh nghiệp, hợp tác xã và tổ chức kinh tế khác nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng khi bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu kinh doanh thương mại thì kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng theo tỷ lệ 1 % trên doanh thu.”

Căn cứ các quy định nêu trên cho thấy công ty bạn mua quả chanh dây về thực hiện sản xuất theo quy trình: cắt vỏ, nạo lấy hạt, đóng gói, dán tem nhãn sản xuất và bảo quản lạnh nên công ty bạn sẽ thực hiện kê khai thuế giá trị gia tăng thực hiện theo quy định tại Khoản 5 Điều 5 Thông tư số 219/2013/TT-BTC nêu trên. Cụ thể:

i) Nếu công ty bạn là công ty kê khai và nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ và bán sản phẩm cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng. Trên hóa đơn giá trị gia tăng, ghi dòng giá bán là giá không có thuế giá trị gia tăng, dòng thuế suất và thuế giá trị gia tăng không ghi, gạch bỏ.

ii) Nếu công ty bạn là công ty kê khai và nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ và bán sản phẩm cho hộ, cá nhân kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng theo mức thuế suất 5%.

iii) Nếu công ty bạn nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng khi bán sản phẩm ở khâu kinh doanh thương mại thì kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng theo tỷ lệ 1 % trên doanh thu.