Căn cứ Điểm a Khoản 1 Điều 2 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng (GTGT) và quản lý thuế tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/02/2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các Nghị định về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ (sửa đổi Điểm đ Khoản 1 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC):

“đ) Trường hợp người nộp thuế có hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh mà giá trị công trình xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh bao gồm cả thuế giá trị gia tăng từ 1 tỷ đồng trở lên, và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh không thuộc trường hợp quy định tại Điểm c Khoản 1 Điều này, mà không thành lập đơn vị trực thuộc tại địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính (sau đây gọi là kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh) thì người nộp thuế phải nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế quản lý tại địa phương có hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh.

Căn cứ tình hình thực tế trên địa bàn quản lý, giao Cục trưởng Cục Thuế địa phương quyết định về nơi kê khai thuế đối với hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh.

Ví dụ 16: Công ty A trụ sở tại Hải Phòng ký hợp đồng cung cấp xi măng cho Công ty B có trụ sở tại Hà Nội. Theo hợp đồng, hàng hóa sẽ được Công ty A giao tại công trình mà công ty B đang xây dựng tại Hà Nội. Hoạt động bán hàng này không được gọi là bán hàng vãng lai ngoại tỉnh. Công ty A thực hiện kê khai thuế giá trị gia tăng tại Hải Phòng, không phải thực hiện kê khai thuế giá trị gia tăng tại Hà Nội đối với doanh thu từ hợp đồng bán hàng cho Công ty B”.

Căn cứ hướng dẫn trên, trường hợp Công ty bạn có trụ sở tại Đồng Tháp và ký hợp đồng bán thuốc cho các cơ sở y tế tỉnh Cần Thơ và thực hiện giao hàng theo các hợp đồng này tại tỉnh Cần Thơ thì hoạt động bán hàng này không được gọi là bán hàng vãng lai ngoại tỉnh. Do đó, khi bán hàng, Công ty lập hóa đơn giá trị gia tăng, kê khai và nộp thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo quy định là được.