Căn cứ Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT.

+ Tại khoản 7 Điều 5 quy định về các trường hợp không phải kê khai tính thuế GTGT:

“d) Các khoản thu hộ không liên quan đến việc bán hàng hóa, dịch vụ của cơ sở kinh doanh.”

+ Tại Điều 9 quy định về thuế suất thuế GTGT 0%:

“1. Thuế suất 0%: áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu; hoạt động xây dựng, lắp đặt công trình ở nước ngoài và ở trong khu phi thuế quan; vận tải quốc tế; hàng hóa, dịch vụ thuộc diện không chịu thuế GTGT khi xuất khẩu, trừ các trường hợp không áp dụng mức thuế suất 0% hướng dẫn tại khoản 3 điều này.

Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu là hàng hóa, dịch vụ được bán, cung ứng cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và tiêu dùng ở ngoài Việt Nam; bán, cung ứng cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan; hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho khách hàng nước ngoài theo quy định của pháp luật.

...b) Dịch vụ xuất khẩu bao gồm dịch vụ cung ứng trực tiếp cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và tiêu dùng ở ngoài Việt Nam; cung ứng trực tiếp cho tổ chức, cá nhân ở trong khu phi thuế quan và tiêu dùng trong khu phi thuế quan.

...Trường hợp cung cấp dịch vụ mà hoạt động cung cấp vừa diễn ra tại Việt Nam, vừa diễn ra ở ngoài Việt Nam nhưng hợp đồng dịch vụ được ký kết giữa hai người nộp thuế tại Việt Nam hoặc có cơ sở thường trú tại Việt Nam thì thuế suất 0% chỉ áp dụng đối với phần giá trị dịch vụ thực hiện ở ngoài Việt Nam, trừ trường hợp cung cấp dịch vụ bảo hiểm cho hàng hóa nhập khẩu được áp dụng thuế suất 0% trên toàn bộ giá trị hợp đồng. Trường hợp, hợp đồng không xác định riêng phần giá trị dịch vụ thực hiện tại Việt Nam thì giá tính thuế được xác định theo tỷ lệ (%) chi phí phát sinh tại Việt Nam trên tổng chi phí.

Cơ sở kinh doanh cung cấp dịch vụ là người nộp thuế tại Việt Nam phải có tài liệu chứng minh dịch vụ thực hiện ở ngoài Việt Nam.

...c) Vận tải quốc tế quy định tại khoản này bao gồm vận tải hành khách, hành lý, hàng hóa theo chặng quốc tế từ Việt Nam ra nước ngoài hoặc từ nước ngoài đến Việt Nam, hoặc cả điểm đi và đến ở nước ngoài, không phân biệt có phương tiện trực tiếp vận tải hay không có phương tiện. Trường hợp, hợp đồng vận tải quốc tế bao gồm cả chặng vận tải nội địa thì vận tải quốc tế bao gồm cả chặng nội địa.

d) Dịch vụ của ngành hàng không, hàng hải cung cấp trực tiếp cho tổ chức ở nước ngoài hoặc thông qua đại lý, bao gồm:

...Các dịch vụ của ngành hàng hải áp dụng thuế suất 0%: Dịch vụ lai dắt tàu biển; hoa tiêu hàng hải; cứu hộ hàng hải; cầu cảng, bến phao; bốc xếp; buộc cởi dây; đóng mở nắp hầm hàng; vệ sinh hầm tàu; kiểm đếm, giao nhận; đăng kiểm.

2. Điều kiện áp dụng thuế suất 0%:

…

b) Đối với dịch vụ xuất khẩu:

- Có hợp đồng cung ứng dịch vụ với tổ chức, cá nhân ở nước ngoài hoặc ở trong khu phi thuế quan;

- Có chứng từ thanh toán tiền dịch vụ xuất khẩu qua ngân hàng và các chứng từ khác theo quy định của pháp luật;

Riêng đối với dịch vụ sửa chữa tàu bay, tàu biển cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, để được áp dụng thuế suất 0%, ngoài các điều kiện về hợp đồng và chứng từ thanh toán nêu trên, tàu bay, tàu biển đưa vào Việt Nam phải làm thủ tục nhập khẩu, khi sửa chữa xong thì phải làm thủ tục xuất khẩu.

c) Đối với vận tải quốc tế:

- Có hợp đồng vận chuyển hành khách, hành lý, hàng hóa giữa người vận chuyển và người thuê vận chuyển theo chặng quốc tế từ Việt Nam ra nước ngoài hoặc từ nước ngoài đến Việt Nam hoặc cả điểm đi và điểm đến ở nước ngoài theo các hình thức phù hợp với quy định của pháp luật. Đối với vận chuyển hành khách, hợp đồng vận chuyển là vé. Cơ sở kinh doanh vận tải quốc tế thực hiện theo các quy định của pháp luật về vận tải.

- Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng hoặc các hình thức thanh toán khác được coi là thanh toán qua ngân hàng. Đối với trường hợp vận chuyển hành khách là cá nhân, có chứng từ thanh toán trực tiếp.

d) Đối với dịch vụ của ngành hàng không, hàng hải:

...d.2) Dịch vụ của ngành hàng hải áp dụng thuế suất 0% thực hiện tại khu vực cảng và đáp ứng các điều kiện sau:

- Có hợp đồng cung ứng dịch vụ với tổ chức ở nước ngoài, người đại lý tàu biển hoặc yêu cầu cung ứng dịch vụ của tổ chức ở nước ngoài hoặc người đại lý tàu biển;

- Có chứng từ thanh toán dịch vụ qua ngân hàng của tổ chức ở nước ngoài hoặc có chứng từ thanh toán dịch vụ qua ngân hàng của người đại lý tàu biển cho cơ sở cung ứng dịch vụ hoặc các hình thức thanh toán khác được coi là thanh toán qua ngân hàng.”

+ Tại Điều 11 quy định về thuế suất thuế GTGT 10%.

+ Tại Điều 16 quy định về điều kiện khấu trừ, hoàn thuế đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu.

Căn cứ khoản 2 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/08/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01 tháng 7 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế TTĐB và Luật Quản lý thuế và sửa đổi một số điều tại các Thông tư về thuế.

“2. Sửa đổi, bổ sung Khoản 3 Điều 9 như sau:

“3. Các trường hợp không áp dụng mức thuế suất 0% gồm:

- Tái bảo hiểm ra nước ngoài; chuyển giao công nghệ, chuyển nhượng quyền sở hữu trí tuệ ra nước ngoài; chuyển nhượng vốn, cấp tín dụng, đầu tư chứng khoán ra nước ngoài; dịch vụ tài chính phát sinh; dịch vụ bưu chính, viễn thông chiều đi ra nước ngoài (bao gồm cả dịch vụ bưu chính viễn thông cung cấp cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan; cung cấp thẻ cào điện thoại di động đã có mã số, mệnh giá đưa ra nước ngoài hoặc đưa vào khu phi thuế quan); sản phẩm xuất khẩu là tài nguyên, khoáng sản hướng dẫn tại Khoản 23 Điều 4 Thông tư này, thuốc lá, rượu, bia nhập khẩu sau đó xuất khẩu; hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho cá nhân không đăng ký kinh doanh trong khu phi thuế quan, trừ các trường hợp khác theo quy định của Thủ tướng Chính phủ.

Thuốc lá, rượu, bia nhập khẩu sau đó xuất khẩu thì khi xuất khẩu không phải tính thuế GTGT đầu ra nhưng không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

- Xăng, dầu bán cho xe ô tô của cơ sở kinh doanh trong khu phi thuế quan mua tại nội địa;

- Xe ô tô bán cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan;

- Các dịch vụ do cơ sở kinh doanh cung cấp cho tổ chức, cá nhân ở trong khu phi thuế quan bao gồm: cho thuê nhà, hội trường, văn phòng, khách sạn, kho bãi; dịch vụ vận chuyển đưa đón người lao động; dịch vụ ăn uống (trừ dịch vụ cung cấp suất ăn công nghiệp, dịch vụ ăn uống trong khu phi thuế quan);

- Các dịch vụ sau cung ứng tại Việt Nam cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài không được áp dụng thuế suất 0% gồm:

+ Thi đấu thể thao, biểu diễn nghệ thuật, văn hóa, giải trí, hội nghị, khách sạn, đào tạo, quảng cáo, du lịch lữ hành;

+ Dịch vụ thanh toán qua mạng;

+ Dịch vụ cung cấp gắn với việc bán, phân phối, tiêu thụ sản phẩm, hàng hóa tại Việt Nam.”

Căn cứ các quy định trên, trường hợp Công ty bạn cung cấp dịch vụ giao nhận, vận chuyển trọn gói cho doanh nghiệp nước ngoài theo chiều từ cảng nước ngoài về địa điểm giao nhận tại Việt Nam và theo chiều từ kho của doanh nghiệp Việt Nam đến cảng nước ngoài, bao gồm các công đoạn vận tải trong nước và quốc tế, bốc xếp nội địa, dịch vụ hải quan, nâng hạ, bốc xếp tại cảng, các chi phí liên quan như phí chứng từ, điện giao hàng, phí niêm chì, phí lưu container, thì theo nguyên tắc:

- Các dịch vụ giao nhận, kiểm đếm, nâng hạ, bốc xếp thực hiện tại khu vực cảng theo quy định về dịch vụ hàng hải cung cấp cho doanh nghiệp nước ngoài, đáp ứng các điều kiện quy định tại tiết d khoản 2 Điều 9 Thông tư số 219/2013/TT-BTC thì thuộc đối  tượng áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%.

- Với các khoản chi liên quan như phí chứng từ, điện giao hàng, phí niêm chì, phí lưu container nếu là khoản Công ty thu hộ, trả hộ các hãng tàu cho các đối tác nước ngoài thì Công ty không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Trường hợp đây là khoản doanh thu do Công ty cung cấp các dịch vụ như phát hành chứng từ, làm điện giao hàng, niêm chì, cho lưu container, lưu bãi... nếu đáp ứng các điều kiện hướng dẫn tại khoản 1, 2 Điều 9, Điều 16 Thông tư số 219/2013/TT-BTC và không thuộc đối tượng quy định tại khoản 2 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC thì chịu thuế suất thuế GTGT 0% và đủ điều kiện được khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Trường hợp nếu không đáp ứng các quy định trên thì chịu thuế GTGT với thuế suất 10%.