Thủ tục hợp nhất công ty được thực hiện theo trình tự, thủ tục như sau:

Thứ nhất, các công ty bị hợp nhất chuẩn bị hợp đồng hợp nhất. Hợp đồng hợp nhất phải có các nội dung chủ yếu về tên, địa chỉ trụ sở chính của các công ty bị hợp nhất; tên, địa chỉ trụ sở chính của công ty hợp nhất; thủ tục và điều kiện hợp nhất; phương án sử dụng lao động; thời hạn, thủ tục và điều kiện chuyển đổi tài sản, chuyển đổi phần vốn góp, cổ phần, trái phiếu của công ty bị hợp nhất thành phần vốn góp, cổ phần, trái phiếu của công ty hợp nhất; thời hạn thực hiện hợp nhất; dự thảo Điều lệ công ty hợp nhất.

Thứ hai, các thành viên, chủ sở hữu công ty hoặc các cổ đông của các công ty bị hợp nhất thông qua hợp đồng hợp nhất, Điều lệ công ty hợp nhất, bầu hoặc bổ nhiệm Chủ tịch Hội đồng thành viên, Chủ tịch công ty, Hội đồng quản trị, Giám đốc hoặc Tổng giám đốc công ty hợp nhất và tiến hành đăng ký doanh nghiệp công ty hợp nhất theo quy định của Luật Doanh nghiệp. Hợp đồng hợp nhất phải được gửi đến các chủ nợ và thông báo cho người lao động biết trong thời hạn 15 ngày, kể từ ngày thông qua.

Hồ sơ, trình tự đăng ký doanh nghiệp công ty hợp nhất thực hiện theo các quy định tương ứng của Luật Doanh nghiệp và phải kèm theo bản sao các giấy tờ sau đây:

(i) Hợp đồng hợp nhất;

(ii) Nghị quyết và biên bản họp thông qua hợp đồng hợp nhất của các công ty bị hợp nhất.

Theo khoản 3 Điều 24 của Nghị định số 78/2015/NĐ-CP ngày 14/09/2015 của Chính phủ Về việc đăng ký doanh nghiệp (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 108/2018/NĐ-CP ngày 23/08/2018 của Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 78/2015/NĐ-CP ngày 14/09/2015 của Chính phủ về đăng ký doanh nghiệp), ngoài giấy tờ để thực hiện thủ tục đăng ký doanh nghiệp, hồ sơ đăng ký doanh nghiệp của công ty hợp nhất phải có thêm các giấy tờ quy định tại Điều 194 Luật Doanh nghiệp và bản sao hợp lệ Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy tờ tương đương khác của các công ty bị hợp nhất.

Thứ ba, trong thời hạn 3 ngày làm việc, kể từ ngày công ty hợp nhất được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, Phòng Đăng ký kinh doanh nơi công ty bị hợp nhất, đặt trụ sở chính thực hiện chấm dứt tồn tại đối với các công ty này trong Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký doanh nghiệp.

Phòng Đăng ký kinh doanh thực hiện việc chấm dứt tồn tại chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của công ty bị hợp nhất trong Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký doanh nghiệp. Trường hợp công ty bị hợp nhất có địa chỉ trụ sở chính ngoài tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi đặt trụ sở chính công ty hợp nhất, Phòng Đăng ký kinh doanh nơi công ty hợp nhất gửi thông tin cho Phòng Đăng ký kinh doanh nơi đặt trụ sở chính công ty bị hợp nhất để thực hiện chấm dứt tồn tại đối với công ty bị hợp nhất trong Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký doanh nghiệp.