Tại khoản 6 Điều 1 Luật số 31/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT quy định về khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:

“Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế thì chỉ được khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng.”

Tại khoản 23 Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngàỵ 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về đối tượng không chịu thuế GTGT như sau:

“23. Sản phẩm xuất khẩu là tài nguyên, khoáng sản khai thác chưa chế biến thành sản phẩm khác.

Tài nguyên, khoáng sản khai thác chưa chế biến thành sản phẩm khác, bao gồm cả khoáng sản đã qua sàng, tuyển, xay, nghiền, xử lý nâng cao hàm lượng, hoặc tài nguyên đã qua công đoạn cắt, xẻ.

...

Ví dụ 9: Cơ sở kinh doanh B xuất khẩu đá vôi trắng dạng hạt và dạng bột thì sản phẩm đá vôi trắng dạng hạt và dạng bột xuất khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Trường hợp cơ sở kinh doanh xuất khẩu bột đá siêu mịn (theo tiêu chuẩn của cơ quan có thẩm quyền), bột đá siêu mịn có tráng phủ axít, các sản phẩm này được xác định là sản phẩm đã qua chế biến thành sản phẩm khác thì khi xuất khẩu không thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.”

Tại điểm c khoản 1 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về đối tượng không chịu thuế GTGT như sau:

“c) Sửa đổi, bổ sung khoản 23 Điều 4 như sau:

“23. Sản phẩm xuất khẩu là tài nguyên, khoáng sản khai thác chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc đã chế biến thành sản phẩm khác nhưng tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51 % giá thành sản xuất sản phẩm trở lên được chế biến từ tài nguyên, khoáng sản; sản phẩm xuất khẩu là hàng hóa được chế biến từ tài nguyên, khoáng sản có tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản xuất sản phẩm trở lên được chế biến từ tài nguyên, khoáng sản.”

Tại khoản 3.3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư như sau:

“3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện, số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.

...

c) Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:

...

c.4) Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.

Việc xác định tài nguyên, khoáng sản; trị giá tài nguyên, khoáng sản và thời điểm xác định trị giá tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng thực hiện theo hướng dẫn tại khoản 23 Điều 4 Thông tư này.”

Về nguyên tắc, thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT.