Tại Khoản 7 Điều 5 Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/02/2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các Nghị đinh có quy định:

“Trường hợp người nộp thuế cung ứng hàng hóa, dịch vụ được thanh toán bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước nhưng chưa được thanh toán nên không nộp thuế đúng thời hạn dẫn đến nợ thuế thì không thực hiện cưỡng chế thuế và không phải nộp tiền chậm nộp tính trên số tiền thuế còn nợ nhưng không vượt quá số tiền ngân sách nhà nước chưa thanh toán phát sinh trong thời gian ngân sách nhà nước chưa thanh toán.”

Tại Khoản 1, Khoản 3 Điều 34a Thông tư hợp nhất số 14/VBHN-BTC ngày 15/5/2017 hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, Luật sửa đổi bổ sung một số Điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ hướng dẫn về việc không tính tiền chậm nộp như sau:

“1. Trường hợp người nộp thuế cung ứng hàng hóa, dịch vụ được thanh toán bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước nhưng chưa được thanh toán nên không nộp thuế đúng thời hạn dẫn đến nợ thuế thì không thực hiện cưỡng chế thuế và không phải nộp tiền chậm nộp tính trên số tiền thuế còn nợ nhưng không vượt quá số tiền ngân sách nhà nước chưa thanh toán phát sinh trong khoảng thời gian ngân sách nhà nước chưa thanh toán

…

3. Trình tự, thủ tục không tính tiền chậm nộp

a) Người nộp thuế thuốc trường hợp không phải nộp tiền chậm nộp theo quy định tại khoản 1 Điều này cung cấp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp văn bản xác nhận của đơn vị sử dụng vốn ngân sách nhà nước về việc người nộp thuế chưa được thanh toán theo mẫu số 01/TCN ban hành kèm theo Thông tư này.

b) Cơ quan thuế ban hành quyết định về việc kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế, thời gian kiểm tra tối đa là 03 ngày làm việc…”

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp Công ty thực hiện cung ứng hàng hóa, dịch vụ được thanh toán bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước nhưng chưa được thanh toán nên không nộp thuế đúng thời hạn dẫn đến nợ thuế thì Công ty thuộc trường hợp được xem xét không phải nộp tiền chậm nộp tính trên số tiền thuế còn nợ nhưng không vượt quá số tiền ngân sách nhà nước chưa thanh toán.

Trường hợp này, công ty cần gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp văn bản xác nhận của đơn vị sử dụng vốn NSNN về việc doanh nghiệp chưa được thanh toán theo mẫu số 01/TCN ban hành kèm theo Thông tư; đồng thời tập hợp hợp đồng, hóa đơn chứng từ, hồ sơ tài liệu liên quan để xuất trình cho cơ quan thuế khi kiểm tra.

Cơ quan Thuế sẽ thực hiện kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp, thời gian kiểm tra tối đa là 03 ngày làm việc. Sau khi kiểm tra, nếu doanh nghiệp thuộc trường hợp không tính chậm nộp thì cơ quan thuế ban hành thông báo về việc doanh nghiệp không phải nộp tiền chậm nộp thuế và chưa thực hiện cưỡng chế với khoản nợ thuế không tính tiền chậm nộp này; ngược lại cơ quan thuế sẽ ban hành thông báo về việc doanh nghiệp phải nộp tiền chậm nộp thuế và cưỡng chế theo quy định.