Theo quy định của Khoản 1 Điều 89 Luật Xây dựng số 50/2014/QH13 ngày 18/6/2014 quy định về đối tượng và các loại giấy phép xây dựng:

“1. Trước khi khởi công xây dựng công trình, chủ đầu tư phải có giấy phép xây dựng do cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp theo quy định của Luật này, trừ trường hợp quy định tại Khoản 2 Điều này.”

Đồng thời theo Khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014, Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 và Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính) về hoàn thuế đối với dự án đầu tư:

“3. Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư

a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế giá trị gia tăng được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.

…

Dự án đầu tư được hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Khoản 2, Khoản 3 Điều này là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.”

Căn cứ các quy định trên, chúng tôi thấy rằng về cơ bản, công ty bạn gần như đã thỏa mãn các quy định để được hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào cho công trình. Tuy nhiên, công ty bạn còn thiếu Giấy phép xây dựng công trình trên theo quy định của pháp luật. Do vậy, công ty bạn cần làm công văn trình bày để nếu Sở Xây dựng tỉnh chấp nhận công văn xác nhận nội dung xây dựng nêu trên được coi như là giấy thay thế Giấy phép xây dựng theo quy định của pháp luật về xây dựng thì công ty bạn có thể hoàn thành các thủ tục để được hoàn thuế giá trị gia tăng.