Tại khoản 1 Điều 25 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ quy định về trách nhiệm của các cơ quan tài chính như sau : “1.Cơ quan tài chính:...c) Chủ trì xác định các khoản được trừ vào số tiền thuế đất, thuế mặt nước phải nộp.”

Tại Khoản 9 Điều 3 Nghị định số 135/2016/NĐ-CP ngày 9/9/2016 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều các Nghị đình quy định về thu tiền sử dụng đất, thu tiền thuế đất, thuế mặt nước quy định về việc xử lý đối với tiền đền bù, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt (bao gồm cả trường hợp tự thỏa thuận bồi thường hoặc tự nhận chuyển nhượng) mà người sử dụng đất đã chi trả theo quy định của pháp luật trước ngày 01 tháng 7 năm 2004.

Tại khoản 2, 3 Điều 5 Thông tư số 77/2014/TT- BTC ngày 16/9/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn về việc xác định tiền thuế đất đối với trường hợp tổ chức kinh tế nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất nông nghiệp hợp pháp của hộ gia đình, cá nhân và trường hợp nhận chuyển nhượng hợp pháp quyền sử dụng đất đất sản xuất, kinh doanh phi nông nghiệp không phải là đất thương mại, dịch vụ.

Tại Điều 9 Thông tư số 333/2016/TT-BTC ngày 26/12/2016 cùạ Bộ Tài chính (có hiệu lực từ ngày 10/2/2017) sửa đổi, bổ sung một số địều của Thông tư số 77/2014/TT-BTC ngày 16/9/2014 hướng dẫn một số điều của Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15 tháng 5 năm 2014 của Chính phủ quy định về thu tiền thuế đất, thuế mặt nước hướng dẫn: Bổ sung Khoản 4 vào Điều 18

“4. Việc xử lý tiền đền bù, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt (bao gồm cả trường hợp tự thỏa thuận bồi thường hoặc tự nhận chuyển nhượng) mà người sử dụng đất đã chi trả theo quy định của pháp luật trước ngày 01 tháng 7 năm 2004 quy định tại Khoản 6 Điều 32 Nghị định số 46/2014/NĐ- CP (được bổ sung tại Khoản 9 Điều 3 Nghị định số 135/2016/NĐ-CP):

a) Cơ quan tài chính chủ trì, phối hợp với cơ quan thuế, cơ quan tài nguyên và môi trường và các cơ quan khác có liên quan (nếu cần) căn cứ vào phương án đền bù, giải phóng mặt bằng đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt hoặc theo giá đất của mục đích nhận chuyển nhượng quy định tại Bảng giá đất do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ban hành tại thời điểm nhận chuyền nhượng (đối với trường hợp tự thỏa thuận, nhận chuyển nhượng) để xác định số tiền đền bù, giải phóng mặt bằng (không bao gồm tài sản gắn liền với đất) được khấu trừ vào tiền sử dụng đất, tiền thuế đất phải nộp báo cáo ủy ban nhân dân cấp tỉnh phê duyệt.”

Nhằm tháo gỡ khó khăn và đảm bảo công bằng giữa các đối tượng được Nhà nước cho thuê đất, Nghị định số 135/2016/NĐ-CP ngày 09/9/2016 của Chính phủ đã có quy định cho phép các trường hợp được Nhà nước cho thuê đất trả tiền thuế đất hàng năm đã chi trả tiền đền bù, giải phóng mặt bằng (bao gồm cả trường hợp tự thỏa thuận bồi thường hoặc tự nhận chuyển nhượng) theo quy định của pháp luật trước ngày 01/7/2004 thì được khấu trừ số tiền bồi thường về đất, hỗ trợ về đất theo phương án đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt hoặc giá trị quyền sử dụng đất theo mục đích đất nhận chuyển nhượng hợp pháp được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác định và phê duyệt (đối với trường hợp tự thỏa thuận bồi thường, tự nhận chuyển nhượng) tại thời điểm tự thỏa thuận, tự nhận chuyển nhượng (phân bổ cho thời gian thuê đất còn lại tương ứng với phần diện tích có thu tiền thuế đất và chưa được hạch toán vào chi phí sản xuất kinh doanh) vào tiền thuê đất phải nộp và không vượt quá số tiền thuê đất phải nộp.