- Tại Điểm d Khoản 1 Điều 5 Nghị định số 45/2014/NĐ-CP của Chính phủ về thu tiền sử đụng đất quy định:

“d) Chuyển mục đích sử dụng đất đối với trường hợp tổ chức kinh tế nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất hợp pháp theo pháp luật đất đai để thực hiện dự án đầu tư mà phải chuyển mục đích sử dụng đất thì thu tiền sử dụng đất như sau:

- Trường hợp tổ chức kinh tế nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất hợp pháp để thực hiện dự án đầu tư mà phải chuyển mục đích sử dụng đất sang đất ở, đất nghĩa trang, nghĩa địa thì nộp tiền sử dụng đất theo giá đất quy định tại Điểm b, Điểm c Khoản 3 Điều 3

Nghị định này của loại đất sau khi chuyển mục đích sử dụng đất.

- Khoản tiền tổ chức kinh tế đã trả để nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất được trừ vào số tiền sử dụng đất phải nộp khi chuyển mục đích. Khoản tiền này được xác định theo giá đất của mục đích sử dụng đất nhận chuyển nhượng tại thời điểm được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển mục đích sử dụng đất nhưng không vượt quá so tiền bồi thường, hỗ trợ tương ứng với trường hợp Nhà nước thu hồi đất theo quy định của pháp luật.

- Khoản tiền tố chức kinh tế đã trả để nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất nêu trên được xác định như sau:

+ Trường hợp giá đất để tính tiền sử dụng đất của loại đất sau khi chuyển mục đích được xác định bằng phương pháp hệ số điều chỉnh giá đất thì giá của loại đất nhận chuyển nhượng cũng được xác định bằng phương pháp hệ số điều chỉnh giá đất.

+ Trường hợp giá đất để tính tiền sử dụng đất của loại đất sau khi chuyển mục đích được xác định bằng các phương pháp so sánh trực tiếp, chiết trừ, thu nhập, thặng dư thì giá của loại đất nhận chuyển nhượng cũng được xác định lại theo các phương pháp này.”

- Tại Khoản 2 Điều 4 Thông tư số 76/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn một số điều của Nghị định số 45/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ quy định về thu tiền sử dụng đất quy định:

“2. Trường hợp tổ chức kinh tế nhận chuyển nhượng hợp pháp quyền sử dụng đất nông nghiệp trong hạn mức sử dụng đất nông nghiệp của các hộ gia đình, cá nhân; đất nông nghiệp, đất phi nông nghiệp được giao có thời hạn (mà người sử dụng đất trước đó đã hoàn thành nghĩa vụ tài chính về tiền sử dụng đất) để thực hiện dự án đầu tư xây dựng nhà ở để bán hoặc nhà ở để bán kết hợp với cho thuê hoặc dự án xây dựng hạ tầng nghĩa trang, nghĩa địa thì tiền sử dụng đất phải nộp được xác định như sau:

2.1. Trường hợp sử dụng phương pháp hệ số điều chỉnh giá đất để xác định tiền sử dụng đất khi chuyển mục đích sử dụng đất:

a) Căn cứ vào hồ sơ địa chính, giá đất tại Bảng giá đất và hệ số điều chỉnh giá đất do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quy định, số tiền mà tổ chức kinh tế đã trả để nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất do cơ quan tài chính xác định, trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ về các thông tin có liên quan nêu trên, cơ quan thuế xác định số tiền sử dụng đất theo loại đất sau khi chuyển mục đích của dự án tại thời điểm có quyết định chuyển mục đích và số tiền sử dụng đất phải nộp sau khi trừ (-) đi số tiền nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất của tổ chức kinh tế.

b) Số tiền mà tổ chức kinh tế đã trả để nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất được xác định quy đổi về thời điểm được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển mục đích sử dụng đất theo công thức sau:

- Đối với đất nhận chuyển nhượng là đất nông nghiệp, đất phi nông nghiệp có nguồn gốc được Nhà nước giao có thời hạn và người sử dụng đất đã nộp tiền sử dụng đất:

Số tiền tổ chức kinh tế đã trả để được nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất = (Diện tích đất chuyển mục đích sử dụng đất x Giá của loại đất trước khi chuyển mục đích quy định tại Bảng giá đất tương ứng với thời hạn sử dụng đất x Hệ số điều chỉnh giá đất)/Thời hạn sử dụng của đất chuyển nhượng x Số năm sử dụng đất còn lại

 Trong đó: Diện tích đất chuyển mục đích là diện tích mà người sử dụng đất trước đó đã hoàn thành nghĩa vụ tài chính về tiền sử dụng đất.

- Đối với đất nhận chuyển nhượng là đất nông nghiệp được giao trong hạn mức sử dụng đất của hộ gia đình, cá nhân:

Số tiền tổ chức kinh tế đã trả để được nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất = (Diện tích đất chuyển mục đích sử dụng đất x Giá của loại đất trước khi chuyển mục đích quy định tại Bảng giá đất x Hệ số điều chỉnh giá đất)

Căn cứ thông tin về số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng của dự án tương ứng với trường hợp được Nhà nước thu hồi đất do Ủy ban nhân dân cấp có thẩm quyền hoặc tổ chức làm nhiệm vụ bồi thường, giải phóng mặt bằng chuyển đến; số tiền mà tổ chức kinh tế đã trả để nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất được xác định quy đổi theo công thức nêu trên, cơ quan tài chính thực hiện xác định số tiền cụ thể mà tổ chức kinh tế được khấu trừ vào tiền sử dụng đất phải nộp theo nguyên tắc quy định tại Điểm d Khoản 1 Điều 5 nghị định số 45/2014/NĐ-CP và chuyển cho cơ quan thuế thực hiện.

Quy trình và thời gian luân chuyển hồ sơ để xác định nghĩa vụ tài chính về tiền sử dụng đất giữa cơ quan tài nguyên và môi trường, cơ quan thuế và cơ quan tài chính thực hiện theo Thông tư hướng dẫn của Liên Bộ Tài chính và Tài nguyên và Môi trường.

2.2. Trường hợp sử dụng các phương pháp so sánh trực tiếp chiết trừ, thu nhập, thặng dư để tính thu tiền sử dụng đất khi chuyển mục đích sử dụng đất:

Căn cứ giá đất cụ thể của loại đất sau khi chuyển mục đích sử dụng đất và giá đất cụ thể của loại đất trước khi chuyển mục đích sử dụng đất của thời hạn sử dụng đất còn lại do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định; căn cứ số tiền tổ chức kinh tế đã trả để nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất được trừ vào tiền sử dụng đất phải nộp do cơ quan tài chính xác định theo công thức dưới đây và theo nguyên tắc quy định tại Điểm d Khoản 1 Điều 5 Nghị định số 45/2014/NĐ-CP; trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ về các thông tin có liên quan nêu trên, cơ quan thuế xác định và thông báo số tiền sử dụng đất phải nộp.

- Đối với đất nhận chuyển nhượng là đất nông nghiệp, đất phi nông nghiệp có nguồn gốc được Nhà nước giao có thời hạn và người sử dụng đất đã nộp tiền sử dụng đất:

Số tiền tổ chức kinh tế đã trả để được nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất = (Diện tích đất chuyển mục đích sử dụng đất x Giá đất cụ thể của loại đất trước khi chuyển mục đích của thời hạn sử dụng đất do UBND cấp tỉnh quyết định): Thời hạn sử dụng của đất chuyển nhượng x Số năm sử dụng đất còn lại

 Trong đó: Diện tích đất chuyển mục đích là diện tích mà người sử dụng đất trước đó đã hoàn thành nghĩa vụ tài chính về tiền sử dụng đất.

- Đối với đất nhận chuyển nhượng là đất nông nghiệp được giao trong hạn mức sử dụng đất của hộ gia đình, cá nhân:

 Số tiền tổ chức kinh tế đã trả để được nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất = Diện tích đất được chuyển mục đích sử dụng đất x Giá đất cụ thể của loại đất trước khi chuyển mục đích do UBND cấp tỉnh quyết định

- Tại Điều 11; Khoản 1, 2 Điều 12 và Điều 20 Thông tư liên tịch số 88/2016/TTLT/BTC-BTNMT của Liên Bộ Tài chính và Bộ Tài nguyên và Môi trường về hồ sơ và trình tự, thủ tục tiếp nhận, luân chuyển hồ sơ xác định nghĩa vụ tài chính về đất đai của người sử dụng đất quy định:

“Điều 11. Trách nhiệm của cơ quan tài chính

1. Báo cáo Chủ tịch Hội đồng thẩm định giá đất của địa phương tổ chức thẩm định giá đất theo đề nghị của cơ quan tài nguyên và môi trường và gửi kết quả thẩm định cho cơ quan tài nguyên và môi trường. Trong thời gian không quá 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được kết quả thẩm định giá, cơ quan tài nguyên và môi trường có trách nhiệm hoàn thiện phương án giá đất trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định theo quy định.

2. Xác định các Khoản mà người sử dụng đất được trừ vào tiền sử dụng đất, tiền thuế đất phải nộp trên cơ sở hồ sơ do Văn phòng đăng ký đất đai chuyển đến.

Điều 12. Trách nhiệm của cơ quan thuế

1. Tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ do Văn phòng đăng ký đất đai chuyển đến. Trường hợp phát hiện hồ sơ có sai sót hoặc thiếu căn cứ để xác định nghĩa vụ tài chính thì cơ quan thuế đề nghị Văn phòng đăng ký đất đai xác định hoặc bổ sung thông tin.

2. Tiếp nhận thông tin về các Khoản người sử dụng đất được trừ vào tiền sử dụng đất, tiền thuê đất phải nộp do cơ quan tài chính chuyển đến (nếu có).

…

Điều 20. Trách nhiệm thi hành

1. Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có trách nhiệm ban hành quy trình luân chuyển hồ sơ xác định nghĩa vụ tài chính về đất đai của người sử dụng đất theo hướng dẫn tại Thông tư này phù hợp với điều kiện thực tế địa phương. Trong đó, cần quy định rõ về thời gian luân chuyển hồ sơ giữa các cơ quan đảm bảo không được vượt quá tổng thời gian thực hiện từng loại thủ tục hành chính đất đai theo quy định của Chính phủ.

2. Cơ quan tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế, cơ quan tài chính, KBNN có trách nhiệm thực hiện giải quyết hồ sơ xác định nghĩa vụ tài chính về đất đai của người sử dụng đất trong thời hạn quy định tại Thông tư này và Quy định cụ thể của địa phương. Chịu trách nhiệm theo nhiệm vụ được phân công đối với trường hợp chậm xử lý gây thiệt hại cho nhà nước và người sử dụng đất.”

Căn cứ quy định nêu trên, cơ quan tài chính có trách nhiệm xác định các khoản người sử dụng đất được trừ vào tiền sử dụng đất phải nộp, chuyển thông tin đến cơ quan thuế để tính tiền sử dụng đất phải nộp, UBND tỉnh có trách nhiệm ban hành Quy trình luân chuyển hồ sơ xác đinh nghĩa vụ tài chính về đất đai của người sử dụng đất ban hành theo quy định tại Thông tư liên tịch số 88/2016/TTLT/BTC-BTNMT nêu trên.

Khoản tiền tổ chức kinh tế đã trả để nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất hợp pháp được trừ vào tiền sử dụng đất phải nộp được xác định theo quy định tại Điểm d, Khoản 1, Điều 5 Nghị định số 45/2014/NĐ-CP nêu trên.