Điều 3 và Điều 10 Thông tư số 328/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thu và quản lý các khoản thu NSNN qua KBNN quy định:

“Điều 3. Nguyên tắc quản lý thu NSNN

...3. Tất cả các khoản thu NSNN được hạch toán bằng đồng Việt Nam, chi tiết theo niên độ ngân sách, mục lục NSNN và được phân chia cho các cấp ngân sách theo tỷ lệ phần trăm (%) do cấp có thẩm quyền quy định..

4. Việc hoàn trả các khoản thu NSNN được thực hiện theo quy định tại Điều 10 Thông tư này...

Điều 10. Hoàn trả các khoản thu NSNN

1. Việc hoàn trả các khoản thu NSNN được thực hiện trong các trường hợp:

... d) Các khoản hoàn trả theo quy định hiện hành của pháp luật về thuế và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan.

đ) Người nộp NSNN có số tiền thuế, tiền phạt và thu khác đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền phạt và thu khác phải nộp đối với từng loại thuế.

2. Quy trình, thủ tục hoàn trả:

a) Trường hợp hoàn trả các khoản thu do cơ quan Thuế, Hải quan quản lý: Quy trình, thủ tục hoàn trả được thực hiện theo quy định tại Thông tư số 99/2016/TT-BTC ngày 29 tháng 6 năm 2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng; Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06 tháng 11 năm 2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22 tháng 7 năm 2013 của Chính phủ;...”

Điều 33, Điều 58 và Điều 59 Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định:

“Điều 33. Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa

1. Tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt được coi là nộp thừa khi:

a) Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp đối với từng loại thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) quy định của mục lục NSNN trong thời hạn 10 (mười) năm tính từ ngày nộp tiền vào NSNN. Đối với loại thuế phải quyết toán thuế thì người nộp thuế chỉ được xác định số thuế nộp thừa khi có số thuế đã nộp lớn hơn số thuế phải nộp theo quyết toán thuế.

…

2. Người nộp thuế có quyền giải quyết số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo thứ tự quy định sau:

a) Bù trừ tự động với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc còn phải nộp của cùng loại thuế...

b) Bù trừ tự động với số tiền phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo của từng loại thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục)...

c) Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo hướng dẫn tại Điểm b Khoản 1 Điều này và người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quy định tại Điểm a Khoản này sau khi thực hiện bù trừ theo hướng dẫn tại Điểm a, Điểm b Khoản này mà vẫn còn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thì người nộp thuế gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế trực tiếp quản lý để được giải quyết hoàn thuế theo hướng dẫn tại Chương VII Thông tư này.

- Trường hợp người nộp thuế được hoàn thuế, vẫn còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt thì phải thực hiện bù trừ trước khi hoàn thuế.

...

Điều 58. Giải quyết hồ sơ hoàn thuế

1. Tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế

a) Đối với hồ sơ hoàn thuế của tổ chức, cá nhân là người nộp thuế và có mã số thuế thì được nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp của tổ chức, cá nhân đó.

…

Điều 59. Hoàn trả tiền thuế, hoàn trả tiền thuế kiêm bù trừ với khoản phải nộp NSNN

...2. Đối với hoàn trả các khoản thuế khác

a) Cơ quan thuế căn cứ Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này, lập Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN theo mẫu quy định; căn cứ Quyết định hoàn thuế kiểm bù trừ NSNN theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này, lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN theo mẫu quy định gửi KBNN đồng cấp trên địa bàn. KBNN đồng cấp thực hiện bù trừ các khoản thu NSNN, thực hiện hoàn trả bằng chuyển khoản hoặc tiền mặt theo quy định cho người nộp thuế.

b) Trường hợp hoàn các khoản thuế (trừ thuế TNCN) mà người nộp thuế đăng ký thuế tại một địa phương nhưng nộp thuế tại nhiều địa phương khác, cơ quan thuế lập và gửi Lệnh hoàn trả khoản NSNN hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN theo mẫu quy định cho KBNN đồng cấp với cơ quan thuế nơi người nộp thuế đăng ký kê khai, quyết toán thuế. Cơ quan thuế phải xác định và phân bổ số tiền phải hoàn trả cho từng địa phương nơi đã thu NSNN, số tiền phải bù trừ cho từng địa phương nơi được hưởng nguồn thu, mỗi địa phương ghi một dòng riêng trên Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN. KBNN đồng cấp trên địa bàn thực hiện chuyển toàn bộ số tiền hoàn trả cho người được hoàn trả; làm thủ tục hạch toán hoàn trả phần thuộc trách nhiệm của địa phương mình, đồng thời, chuyển chứng từ để báo Nợ cho các KBNN nơi thu NSNN, báo Có cho các KBNN nơi được hưởng nguồn thu để hạch toán hoàn trả, bù trừ khoản thu NSNN phần thuộc trách nhiệm của các địa phương đó...

d) Việc hạch toán hoàn trả thực hiện theo hai trường hợp

- Hoàn trả các khoản thu thuộc năm ngân sách, nếu KBNN thực hiện hoàn trả trước khi kết thúc thời hạn chỉnh lý quyết toán NSNN năm đó thì KBNN thực hiện hạch toán giảm thu năm ngân sách, theo từng cấp ngân sách, đúng mục lục NSNN của các khoản đã thu...

- Hoàn trả các khoản thu sau thời gian chỉnh lý quyết toán ngân sách thì KBNN hạch toán chi ngân sách năm hiện hành của từng cấp ngân sách, theo số tiền tương ứng với tỷ lệ phân chia khoản thu cho từng cấp ngân sách trước đó.”

- Điều 4 Quyết định số 2845/QĐ-BTC ngày 30/12/2016 của Bộ Tài chính ban hành quy định phân công cơ quan thuế quản lý đối với người nộp thuế:

“Điều 4. Cơ quan thuế quản lý đối với người nộp thuế

1. Cơ quan thuế quản lý trực tiếp đối với người nộp thuế có trách nhiệm thực hiện đầy đủ các quy định về quản lý thuế theo Luật Quản lý thuế

Trường hợp Luật Quản lý thuế quy định người nộp thuế có phát sinh nghĩa vụ thuế (khai thuế, nộp thuế, hoàn thuế hoặc nghĩa vụ thuế khác) thuộc trách nhiệm quản lý của cơ quan thuế khác cơ quan thuế quản lý trực tiếp đối với người nộp thuế thì cơ quan thuế đó được gọi là cơ quan thuế quản lý khoản thu NSNN.

Cơ quan thuế quản lý trực tiếp đối với người nộp thuế có trách nhiệm chủ trì, phối hợp với cơ quan thuế quản lý khoản thu NSNN để đảm bảo việc quản lý thuế đầy đủ, tập trung, thống nhất về người nộp thuế và tạo thuận lợi cho người nộp thuế thực hiện nghĩa vụ thuế với NSNN.”

Căn cứ các quy định trên:

1. Về việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế

Trường hợp người nộp thuế có đề nghị hoàn khoản thu NSNN nộp thừa, cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ và giải quyết thủ tục hoàn nộp thừa khoản thu NSNN

Theo đó, cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế phối hợp bằng văn bản với cơ quan thuế quản lý khoản thu NSNN để xác định số nộp thừa, số được hoàn, số bù trừ thu NSNN khi hoàn trả nộp thừa, KBNN đã hạch toán khoản thu NSNN được hoàn trả; lập đề xuất hoàn, ban hành quyết định hoàn và lệnh hoàn; chuyển quyết định hoàn, lệnh hoàn sang KBNN đồng cấp với cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế;

KBNN đồng cấp với cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế có trách nhiệm chi hoàn theo lệnh hoàn trả do cơ quan thuế chuyển sang, sau đó báo Nợ cho KBNN đã hạch toán khoản thu NSNN được hoàn trả và gửi thông tin đã hoàn cho cơ quan thuế đồng cấp (cơ quan thuế ban hành quyết định hoàn/lệnh hoàn).

Khi nhận được thông tin báo Nợ từ KBNN chi trả hộ, KBNN đã hạch toán khoản thu NSNN được hoàn trả thực hiện hạch toán khoản hoàn trả theo quy định (giảm thu hoặc ghi chi NSNN) và truyền chứng từ hoàn sang cơ quan thuế đồng cấp (cơ quan thuế quản lý khoản thu NSNN) để hạch toán giảm nộp thừa của người nộp thuế (do đã được hoàn trả).

2. Về việc cập nhật hồ sơ trên hệ thống ứng dụng tại các cơ quan thuế

a) Cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế thực hiện:

- Cập nhật việc tiếp nhận, trả kết quả giải quyết hồ sơ hoàn thuế trên ứng dụng TMS, phân hệ QHS (theo dõi nhận, trả hồ sơ thuế). Trường hợp người nộp thuế đề nghị hoàn số tiền thuế nộp thừa phát sinh tại các cơ quan thuế quản lý khoản thu NSNN khác nhau thì quản lý trực tiếp người nộp thuế hướng dẫn người nộp thuế lập từng hồ sơ đề nghị hoàn thuế hoàn nộp thừa tương ứng mỗi cơ quan thuế quản lý khoản nộp thừa.

- Không nhập Đề nghị hoàn, Đề xuất hoàn thuế, Quyết định hoàn, Lệnh hoàn thuế vào phân hệ Hoàn thuế trên ứng dụng TMS.

- Gửi cơ quan thuế quản lý khoản thu NSNN hồ sơ hoàn thuế, bao gồm: Quyết định hoàn (bản chính), Lệnh hoàn (bản sao), Đề nghị hoàn, Đề xuất hoàn, Số hồ sơ hoàn trên phân hệ QHS tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế.

b) Cơ quan thuế quản lý khoản thu NSNN của người nộp thuế thực hiện:

- Cập nhật vào phân hệ Hoàn thuế thông tin hồ sơ hoàn thuế do CQT quản lý trực tiếp người nộp thuế chuyển sang, bao gồm: Đề nghị hoàn, Đề xuất hoàn, Quyết định hoàn.

Khi nhập Đề nghị hoàn, Đề xuất hoàn trên Hệ thống TMS, tại tab “TT chung HS DNHT”, công chức thực hiện:

+ Nhập thông tin “Số hồ sơ” nhận được từ cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế vào trường “Mã HSVB DNH của người nộp thuế”.

+ Nhập thông tin “Hồ sơ hoàn nộp thừa nhận từ cơ quan thuế... ngày ...” vào trường “Tài liệu đính kèm”.

- Hạch toán Lệnh hoàn đã được chi hoàn do KBNN đồng cấp chuyển sang.