Căn cứ quy định tại Khoản 2 Điều 29 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ:

“2. Người nộp thuế có quyền yêu cầu cơ quan quản lý thuế giải quyết số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo các cách sau:

a) Bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt nộp thừa với số tiến thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ;

b) Trừ vào số tiền thuế phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo, trừ trường hợp quy định tại điểm b khoản 1 Điều này;

c) Hoàn trả kiêm bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt nộp thừa nếu người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các loại thuế khác hoặc hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt”.

- Căn cứ các hướng dẫn tại Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính:

+ Khoản 1, Khoản 2 Điều 33 hướng dẫn xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa:

“1. Tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt được coi là nộp thừa khi:

a) Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp đối với từng loại thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) quy định của mục lục ngân sách nhà nước trong thời hạn 10 (mười) năm tính từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước. Đối với loại thuế phải quyết toán thuế thì người nộp thuế chỉ được xác định số thuế nộp thừa khi có số thuế đã nộp lớn hơn số thuế phải nộp theo quyết toán thuế.

…

2. Người nộp thuế có quyền giải quyết số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo thứ tự quy định sau:

a) Bù trừ tự động với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc còn phải nộp của cùng loại thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 29 Thông tư này (trừ trường hợp nêu tại điểm b khoản 1 Điều này).

b) Bù trừ tự động với số tiền phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo của từng loại thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) quy định của mục lục ngân sách nhà nước (trừ trường hợp nêu tại điểm b khoản 1 Điều này). Trường hợp quá 06 (sáu) tháng kể từ thời điểm phát sinh số tiền thuế nộp thừa mà không phát sinh khoản phải nộp tiếp theo thì thực hiện theo hướng dẫn tại điểm c khoản này.

c) Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo hướng dẫn tại điểm b khoản 1 Điều này và người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quy định tại điểm a khoản này sau khi thực hiện bù trừ theo hướng dẫn tại điểm a, điểm b khoản này mà vẫn còn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thì người nộp thuế gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế trực tiếp quản lý để được giải quyết hoàn thuế theo hướng dẫn tại Chương VII Thông tư này.

- Trường hợp người nộp thuế được hoàn thuế, vẫn còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt thì phải thực hiện bù trừ trước khi hoàn thuế...”.

+ Khoản 1 Điều 58 hướng dẫn giải quyết hồ sơ hoàn thuế:

“1. Tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế

a) Đối với hồ sơ hoàn thuế của tổ chức, cá nhân là người nộp thuế và có mã số thuế thì được nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp của tổ chức, cá nhân đó...”

+ Khoản 2 Điều 59 hướng dẫn về hoàn trả tiền thuế, hoàn trả tiền thuế kiêm bù trừ với khoản phải nộp NSNN đối với hoàn trả các khoản thuế khác:

“2. Đối với hoàn trả các khoản thuế khác

…

b) Trường hợp hoàn các khoản thuế (trừ thuế TNCN) mà người nộp thuế đăng ký thuế tại một địa phương nhưng nộp thuế tại nhiều địa phương khác, cơ quan thuế lậpvà gửi Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN theo mẫu quy định cho Kho bạc nhà nước đồng cấp với Cơ quan thuế nơi người nộp thuế đăng ký kê khai, quyết toán thuế. Cơ quan thuế phải xác định và phân bổ số tiền phải hoàn trả cho từng địa phương nơi đã thu NSNN, số tiền phải bù trừ cho từng địa phương nơi được hưởng nguồn thu, mỗi địa phương ghi một dòng riêng trên Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN. KBNN đồng cấp trên địa bàn thực hiện chuyển toàn bộ số tiền hoàn trả cho người được hoàn trả; làm thủ tục hạch toán hoàn trả phần thuộc trách nhiệm của địa phương mình, đồng thời, chuyển chứng từ để báo Nợ cho các KBNN nơi thu NSNN, báo Có cho các KBNN nơi được hưởng nguồn thu để hạch toán hoàn trả, bù trừ khoản thu NSNN phần thuộc trách nhiệm của các địa phương đó...”.

Căn cứ các quy định pháp luật và trình bày của bạn, với trường hợp của công ty bạn, công ty bạn cần lập hồ sơ đề nghị hoàn số thuế TNDN từ chuyển nhượng bất động sản nộp thừa nêu trên đồng thời đề nghị bù trừ sang khoản phải nộp NSNN khác (tiền thuế đất năm 2018) của Công ty gửi đến Cục Thuế tỉnh Bình Dương. Sau đó, Cục Thuế tỉnh Bình Dương sẽ căn cứ vào tình hình quản lý thực tế tại Công ty, phối hợp với Cục Thuế TP. HCM (Chi cục Thuế quận Bình Tân) kiểm tra, xác minh số liệu cụ thể và xem xét, giải quyết hoàn thuế kiêm bù trừ thu NSNN cho công ty theo quy định.

Các thủ tục giải quyết về hoàn thuế kiêm bù trừ thu NSNN đối với trường hợp người nộp thuế đăng ký thuế tại một địa phương nhưng nộp thuế tại nhiều địa phương khác thực hiện theo hướng dẫn tại Khoản 2 (b) Điều 59 Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính.