Tại Khoản 6 Điều 5, Khoản 1 Điều 7 Luật Thuế GTGT năm 2008 (được sửa đổi, bổ sung năm 2013) quy định:

- Khoản 6 Điều 6:

“Điều 5. Đối tượng không chịu thuế

…

6. Chuyển quyền sử dụng đất”

- Khoản 1 Điều 7:

“Điều 7. Giá tính thuế

1. Giá tính thuế được quy định như sau:

…

h) Đối với hoạt động kinh doanh bất động sản là giá bán bất động sản chưa có thuế GTGT, trừ giá chuyển quyền sử dụng đất hoặc tiền thuê đất phải nộp NSNN;”

Tại Điều 4 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định:

“Điều 4. Giá tính thuế

Giá tính thuế thực hiện theo quy định tại Điều 7 Luật Thuế GTGT và Khoản 2 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT.

1. Đối với hàng hóa, dịch vụ do cơ sở sản xuất, kinh doanh bán ra là giá bán chưa có thuế GTGT; đối với hàng hóa, dịch vụ chịu thuế TTĐB là giá bán đã có thuế TTĐB nhưng chưa có thuế GTGT; đối với hàng hóa chịu thuế bảo vệ môi trường là giá bán đã có thuế bảo vệ môi trường nhưng chưa có thuế GTGT; đối với hàng hóa chịu thuế TTĐB và thuế bảo vệ môi trường là giá bán đã có thuế TTĐB và thuế bảo vệ môi trường nhưng chưa có thuế GTGT.

…

3. Đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản, giá tính thuế GTGT là giá chuyển nhượng bất động sản trừ (-) giá đất được trừ để tính thuế GTGT.

a) Giá đất được trừ để tính thuế GTGT được quy định cụ thể như sau:

- Trường hợp được Nhà nước giao đất để đầu tư cơ sở hạ tầng xây dựng nhà để bán, giá đất được trừ để tính thuế GTGT bao gồm tiền sử dụng đất phải nộp NSNN (không kể tiền sử dụng đất được miễn, giảm) và chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng theo quy định của pháp luật;

- Trường hợp đấu giá quyền sử dụng đất thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá đất trúng đấu giá;

…

- Trường hợp cơ sở kinh doanh nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất của các tổ chức, cá nhân thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất bao gồm cả giá trị cơ sở hạ tầng (nếu có); cơ sở kinhdoanh không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của cơ sở hạ tầng đã tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế GTGT. Nếu giá đất được trừ không bao gồm giá trị cơ sở hạ tầng thì cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của cơ sở hạ tầng chưa tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế GTGT.

Trường hợp không xác định được giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá đất do Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định tại thời điểm ký hợp đồng nhận chuyển nhượng.”

Tại Khoản 3 Điều 3 Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/2/2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các Nghị định về thuế.

“3. Bổ sung Điểm a Khoản 3 Điều 4 như sau:

“a) Giá đất được trừ để tính thuế GTGT được quy định cụ thể như sau:

- Trường hợp được Nhà nước giao đất để đầu tư cơ sở hạ tầng xây dựng nhà để bán, giá đất được trừ để tính thuế GTGT bao gồm tiền sử dụng đất phải nộp NSNN (không kể tiền sử dụng đất được miễn, giảm) và chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng theo quy định của pháp luật;

- Trường hợp đấu giá quyền sử dụng đất thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá đất trúng đấu giá;

- Trường hợp thuê đất để xây dựng cơ sở hạ tầng, xây dựng nhà để bán, giá đất được trừ để tính thuế GTGT là tiền thuê đất phải nộp NSNN (không bao gồm tiền thuê đất được miễn, giảm) và chi phí đền bù, giải phóng mặt bằng theo quy định của pháp luật;

- Trường hợp cơ sở kinh doanh nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất của các tổ chức, cá nhân thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất bao gồm cả giá trị cơ sở hạ tầng (nếu có); cơ sở kinh doanh không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của cơ sở hạ tầng đã tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế GTGT. Nếu giá đất được trừ không bao gồm giá trị cơ sở hạ tầng thì cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của cơ sở hạ tầng chưa tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế GTGT. Trường hợp không xác định được giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá đất do Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định tại thời điểm ký hợp đồng nhận chuyển nhượng.

Trường hợp cơ sở kinh doanh nhận góp vốn bằng quyền sử dụng đất của tổ chức, cá nhân thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá ghi trong hợp đồng góp vốn. Trường hợp giá chuyển nhượng quyền sử dụng đất thấp hơn giá đất nhận góp vốn thì chỉ được trừ giá đất theo giá chuyển nhượng;

- Trường hợp cơ sở kinh doanh bất động sản thực hiện theo hình thức xây dựng - chuyển giao (BT) thanh toán bằng giá trị quyền sử dụng đất thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá tại thời điểm ký hợp đồng BT theo quy định của pháp luật; nếu tại thời điểm ký hợp đồng BT chưa xác định được giá thì giá đất được trừ là giá đất do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định để thanh toán công trình.”

Căn cứ quy định trên:

- Đối với các hàng hóa, dịch vụ, giá tính thuế GTGT là toàn bộ giá bán hàng hóa, dịch vụ chưa có thuế GTGT.

- Đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản thì giá tính thuế GTGT là giá chuyển nhượng bất động sản trừ (-) giá đất được trừ để tính thuế GTGT.

Tuy nhiên do “chuyển quyền sử dụng đất” thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT nên đối với hoạt động chuyển quyền sử dụng đất, giá tính thuế GTGT không phải được tính trên toàn bộ giá chuyển nhượng (giá bán) mà cơ sở kinh doanh được trừ giá đất theo nguồn gốc đất (giá tại thời điểm nhận chuyển nhượng hoặc giá được giao đất). Cụ thể:

Giá tính thuế GTGT đối với hoạt động chuyển nhượng BĐS = Giá chuyển nhượng BĐS (giá bán) - Giá đất được trừ (giá đất được trừ được xác định theo nguồn gốc đất).

Tại Khoản 3 Điều 4 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ (được sửa đổi, bổ sung bởi Khoản 3 Điều 3 Nghị định 12/2015/NĐ-CP ngày 12/2/2015, Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 đã quy định giá đất được trừ trong các trường hợp khác nhau).

Theo đó trường hợp cơ sở kinh doanh nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất của các tổ chức, cá nhân thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất bao gồm cả giá trị cơ sở hạ tầng (nếu có); cơ sở kinh doanh không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của cơ sở hạ tầng đã tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế GTGT. Nếu giá đất được trừ không bao gồm giá trị cơ sở hạ tầng thì cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của cơ sở hạ tầng chưa tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế GTGT.