Tại Khoản 6 Điều 5, Khoản 1 Điều 7 Luật thuế giá trị gia tăng năm 2008 (được sửa đổi, bổ sung năm 2013 bởi Luật số 31/2013/QH13) quy định:

- Khoản 6 Điều 5:

“Điều 5. Đối tượng không chịu thuế

...

6. Chuyền quyền sử dụng đất”

- Khoản 1 Điều 7

“Điều 7. Giá tính thuế

1. Giá tính thuế được quy định như sau:

...

h) Đối với hoạt động kinh doanh bất động sản là giá bán bất động sản chưa có thuế giá trị gia tăng, trừ giá chuyển quyền sử dụng đất hoặc tiền thuê đất phải nộp ngân sách nhà nước;”

Tại Điều 4 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định:

“Điều 4. Giá tính thuế

Giá tính thuế thực hiện theo quy định tại Điều 7 Luật thuế giá trị gia tăng và Khoản 2 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng

...

3. Đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản, giá tính thuế giá trị gia tăng là giá chuyển nhượng bất động sản trừ (-) giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng.

a) Giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng được quy định cụ thể như sau:

- Trường hợp được Nhà nước giao đất để đầu tư cơ sở hạ tầng xây dựng nhà để bán, giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng bao gồm tiền sử dụng đất phải nộp ngân sách nhà nước (không kể tiền sử dụng đất được miễn, giảm) và chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng theo quy định của pháp luật;

- Trường hợp đấu giá quyền sử dụng đất thì giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng là giá đất trúng đấu giá;

- Trường hợp cơ sở kinh doanh nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất của các tổ chức, cá nhân thì giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng là giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất bao gồm cả giá trị cơ sở hạ tầng (nếu có); cơ sở kinh doanh không được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào của cơ sở hạ tầng đã tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế giá trị gia tăng. Nếu giá đất được trừ không bao gồm giá trị cơ sở hạ tầng thì cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào của cơ sở hạ tầng chưa tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế giá trị gia tăng.

Trường hợp không xác định được giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng thì giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng là giá đất do ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định tại thời điểm ký hợp đồng nhận chuyển nhượng.”

Căn cứ quy định nêu trên, đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản, do quyền sử dụng đất thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, vì vậy giá tính thuế giá trị gia tăng được xác định bằng (=) Giá chuyển nhượng bất động sản trừ (-) giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng. Truờng hợp cơ sở kinh doanh nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất của các tổ chức, cá nhân thì giá đất được trả để tính thuế giá trị gia tăng là giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất bao gồm cả giá trị cơ sở hạ tầng (nếu có); cơ sở kinh doanh không được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào của cơ sở hạ tầng đã tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế giá trị gia tăng. Nếu giá đất được trừ không bao gồm giá trị cơ sở hạ tầng thì cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào của cơ sở hạ tầng chưa tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế giá trị gia tăng.