Căn cứ Khoản 1, 2 Điều 4 Thông tư số 96/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính:

“1. Trừ các khoản chi không được trừ nêu tại Khoản 2 Điều này, doanh nghiệp được trừ mọi khoản chi nếu đáp ứng đủ các điều kiện sau:

a) Khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.

b) Khoản chi có đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật.

c) Khoản chi nếu có hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ từng lần có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên (giá đã bao gồm thuế GTGT) khi thanh toán phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

…

2. Các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế bao gồm:

…

2.4. Chi phí của doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ (không có hóa đơn, được phép lập Bảng kê thu mua hàng hóa, dịch vụ mua vào theo mẫu số 01/thu nhập doanh nghiệp kèm theo Thông tư số 78/2014/TT-BTC) nhưng không lập Bảng kê kèm theo chứng từ thanh toán cho người bán hàng, cung cấp dịch vụ trong các trường hợp:

- Mua hàng hóa là nông, lâm, thủy sản của người sản xuất, đánh bắt trực tiếp bán ra;

- Mua sản phẩm thủ công làm bằng đay, cói, tre, nứa, lá, song, mây, rơm, vỏ dừa, sọ dừa hoặc nguyên liệu tận dụng từ sản phẩm nông nghiệp của người sản xuất thủ công không kinh doanh trực tiếp bán ra;

- Mua đất, đá, cát, sỏi của hộ, cá nhân tự khai thác trực tiếp bán ra;

- Mua phế liệu của người trực tiếp thu nhặt;

- Mua tài sản, dịch vụ của hộ, cá nhân không kinh doanh trực tiếp bán ra;

- Mua hàng hóa, dịch vụ của cá nhân, hộ kinh doanh (không bao gồm các trường hợp nêu trên) có mức doanh thu dưới ngưỡng doanh thu chịu thuế giá trị gia tăng (100 triệu đồng/năm).

Bảng kê thu mua hàng hóa, dịch vụ do người đại diện theo pháp luật hoặc người được ủy quyền của doanh nghiệp ký và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực. Doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ được phép lập Bảng kê và được tính vào chi phí được trừ. Các khoản chi phí này không bắt buộc phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Trường hợp giá mua hàng hóa, dịch vụ trên bảng kê cao hơn giá thị trường tại thời điểm mua hàng thì cơ quan thuế căn cứ vào giá thị trường tại thời điểm mua hàng, dịch vụ cùng loại hoặc tương tự trên thị trường xác định lại mức giá để tính lại chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế”.

Theo quy định trên thì đối với mặt hàng nông sản của người sản xuất trực tiếp bán ra mà người bán là người nông dân trực tiếp trồng trọt, sản xuất không phải là doanh nghiệp, hợp tác xã nông nghiệp và họ không có hóa đơn thì công ty bạn không cần yêu cầu họ xuất hóa đơn. Lúc này công ty bạn chỉ cần lập Bảng kê thu mua hàng hóa, dịch vụ mua vào theo mẫu số 01/thu nhập doanh nghiệp kèm theo Thông tư số 78/2014/TT-BTC và phải kèm theo chứng từ thanh toán cho người bán hàng. Nếu công ty bạn không lập bảng kê thu mua hàng hóa theo mẫu hoặc không kèm theo chứng từ chứng minh cho việc mua hàng thì khoản chi đó sẽ không được tính là chi phí hợp lý khi kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp.

Tóm lại, để công ty của bạn có thể kê khai chi phí mua nguyên liệu nông sản từ người nông dân trực tiếp sản xuất mà không có hóa đơn, công ty bạn cần kê khai theo Bảng kê thu mua hàng hóa, dịch vụ mua vào theo mẫu số 01/thu nhập doanh nghiệp kèm theo Thông tư số 78/2014/TT-BTC  và phải kèm chứng từ thanh toán cho người bán hàng bao gồm:

- Hợp đồng mua bán hàng hóa

- Chứng từ thanh toán

- Biên bản bàn giao hàng hóa