Căn cứ theo tiểu mục b1 điểm b Khoản 3, Điều 16, Thông tư 219/2013/TT-BTC quy định:

“Điều kiện khấu trừ, hoàn thuế đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu.

Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu (trừ các trường hợp hướng dẫn Điều 17 Thông tư này) để được khấu trừ thuế, hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào phải có đủ điều kiện và các thủ tục nêu tại Khoản 2 Điều 9 và Khoản 1 Điều 15 Thông tư này, cụ thể như sau:

…

3. Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu phải thanh toán qua ngân hàng

…

b) Các trường hợp thanh toán dưới đây cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng:

b.1) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được thanh toán cấn trừ vào khoản tiền vay nợ nước ngoài cơ sở kinh doanh phải có đủ điều kiện, thủ tục, hồ sơ như sau:

- Hợp đồng vay nợ (đối với những khoản vay tài chính có thời hạn dưới 01 năm); hoặc giấy xác nhận đăng ký khoản vay của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam (đối với những khoản vay trên 01 năm).

- Chứng từ chuyển tiền của phía nước ngoài vào Việt Nam qua ngân hàng.

Phương thức thanh toán hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu cấn trừ vào khoản nợ vay nước ngoài phải được quy định trong hợp đồng xuất khẩu.

- Bản xác nhận của phía nước ngoài về cấn trừ khoản nợ vay.

- Trường hợp sau khi cấn trừ giá trị hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu vào khoản nợ vay của nước ngoài có chênh lệch, thì số tiền chênh lệch phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng. Chứng từ thanh toán qua ngân hàng theo hướng dẫn tại điểm này.

…”

Vậy, căn cứ hướng dẫn nêu trên và công ty bạn đang lo lắng về điều kiện đòi hỏi trong hoạt động khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào cho lô hàng là không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Tuy vậy với quy định trên, trong trường hợp trên, công ty bạn không cần phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng mà công ty bạn cần phải có đủ điều kiện, thủ tục, hồ sơ như sau:

- Hợp đồng vay nợ (đối với những khoản vay tài chính có thời hạn dưới 01 năm); hoặc giấy xác nhận đăng ký khoản vay của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam (đối với những khoản vay trên 01 năm).

- Chứng từ chuyển tiền của phía nước ngoài vào Việt Nam qua ngân hàng.

Phương thức thanh toán hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu cấn trừ vào khoản nợ vay nước ngoài phải được quy định trong hợp đồng xuất khẩu.

- Bản xác nhận của phía nước ngoài về cấn trừ khoản nợ vay.

- Trường hợp sau khi cấn trừ giá trị hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu vào khoản nợ vay của nước ngoài có chênh lệch, thì số tiền chênh lệch phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng. Chứng từ thanh toán qua ngân hàng theo hướng dẫn tại điểm này.

Nếu công ty bạn có hồ sơ trên và thỏa mãn các điều kiện khác theo quy định của pháp luật thì công ty bạn sẽ được khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào cho lô hàng trên mà không cần phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.