Căn cứ Khoản 2 Điều 25 Thông tư số 111/2013/TT-BTC ngày 15/08/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế TNCN quy định về chứng từ khấu trừ thuế:

“a) Tổ chức, cá nhân trả các khoản thu nhập đã khấu trừ thuế theo hướng dẫn tại khoản 1, Điều này phải cấp chứng từ khấu trừ thuế theo yêu cầu của cá nhân bị khấu trừ. Trường hợp cá nhân ủy quyền quyết toán thuế thì không cấp chứng từ khấu trừ.

b) Cấp chứng từ khấu trừ trong một số trường hợp cụ thể như sau:

b.1) Đối với cá nhân không ký hợp đồng lao động hoặc ký hợp đồng lao động dưới ba (03) tháng: cá nhân có quyền yêu cầu tổ chức, cá nhân trả thu nhập cấp chứng từ khấu trừ cho mỗi lần khấu trừ thuế hoặc cấp một chứng từ khấu trừ cho nhiều lần khấu trừ thuế trong một kỳ tính thuế.

…

b.2) Đối với cá nhân ký hợp đồng lao động từ ba (03) tháng trở lên: tổ chức, cá nhân trả thu nhập chỉ cấp cho cá nhân một chứng từ khấu trừ trong một kỳ tính thuế.

…”.

Căn cứ Khoản 3 Điều 21 Thông tư số 92/2015/TT-BTC ngày 15/6/2015 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Khoản 2 Điều 16 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/01/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn một số Điều của Luật quản lý thuế:

“2. Khai thuế đối với cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công

a) Nguyên tắc khai thuế

a.1) Cá nhân khai thuế trực tiếp với cơ quan thuế là cá nhân sau đây:

- Cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công do các tổ chức Quốc tế, Đại sứ quán, Lãnh sự quán tại Việt Nam trả nhưng tổ chức này chưa thực hiện khấu trừ thuế;

- Cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công do các tổ chức, cá nhân trả từ nước ngoài.

a.2) Hình thức khai thuế

Cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công khai thuế trực tiếp với cơ quan thuế theo quý và khai quyết toán thuế theo năm.

…

a.4) Ủy quyền quyết toán thuế

a.4.1) Cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công ủy quyền cho tổ chức, cá nhân trả thu nhập quyết toán thuế thay trong các trường hợp sau:

- Cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công ký hợp đồng lao động từ 03 (ba) tháng trở lên tại một tổ chức, cá nhân trả thu nhập và thực tế đang làm việc tại đó vào thời điểm ủy quyền quyết toán thuế, kể cả trường hợp không làm việc đủ 12 (mười hai) tháng trong năm.

- Cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công ký hợp đồng lao động từ 03 (ba) tháng trở lên tại một tổ chức, cá nhân trả thu nhập và thực tế đang làm việc tại đó vào thời điểm ủy quyền quyết toán thuế, kể cả trường hợp không làm việc đủ 12 (mười hai) tháng trong năm, đồng thời có thu nhập vãng lai ở các nơi khác bình quân tháng trong năm không quá 10 triệu đồng đã được đơn vị trả thu nhập khấu trừ thuế 10% mà không có yêu cầu quyết toán thuế đối với phần thu nhập này.

- Cá nhân là người lao động được điều chuyển từ tổ chức cũ đến tổ chức mới trong trường hợp tổ chức cũ thực hiện chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi doanh nghiệp. Cuối năm người lao động có ủy quyền quyết toán thuế thì tổ chức mới phải thu lại chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân do tổ chức cũ đã cấp cho người lao động (nếu có) để làm căn cứ tổng hợp thu nhập, số thuế đã khấu trừ và quyết toán thuế thay cho người lao động.

…”.

Căn cứ Khoản 5 Điều 10 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 hướng dẫn về Luật quản lý thuế:

“5. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế

a) Sau khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

Đối với loại thuế có kỳ quyết toán thuế năm: Trường hợp chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế tạm nộp của tháng, quý có sai sót, đồng thời tổng hợp số liệu khai bổ sung vào hồ sơ khai quyết toán thuế năm. Trường hợp đã nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì chỉ khai bổ sung hồ sơ khai quyết toán thuế năm. Trường hợp hồ sơ khai bổ sung hồ sơ quyết toán thuế năm làm giảm số thuế phải nộp nếu cần xác định lại số thuế phải nộp của tháng, quý thì khai bổ sung hồ sơ khai tháng, quý và tính lại tiền chậm nộp (nếu có).

Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế; nếu cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh:

- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót nhưng không liên quan đến thời kỳ, phạm vi đã kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và phải nộp tiền chậm nộp theo quy định.

- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót liên quan đến thời kỳ đã kiểm tra, thanh tra nhưng không thuộc phạm vi đã kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và phải nộp tiền chậm nộp theo quy định.

- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót liên quan đến thời kỳ, phạm vi đã kiểm tra, thanh tra dẫn đến phát sinh tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế đã được hoàn, giảm số thuế được khấu trừ, giảm số thuế đã nộp thừa thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và bị xử lý theo quy định như đối với trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện.

Trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế liên quan đến tăng, giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ thì người nộp thuế thực hiện khai điều chỉnh vào hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế nhận được kết luận, quyết định xử lý về thuế theo kết luận, quyết định xử lý về thuế của cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền (người nộp thuế không phải lập hồ sơ khai bổ sung).

…”.

Căn cứ các quy định trên, theo trường hợp Công ty, tại thời điểm quyết toán thuế TNCN năm 2015 và năm 2016, một số nhân viên không ủy quyền quyết toán thuế TNCN cho Công ty thì Công ty cấp chứng từ khấu trừ thuế TNCN cho nhân viên tự làm hồ sơ quyết toán thuế và nộp trực tiếp cho cơ quan thuế; nếu các cá nhân này chỉ có một nguồn thu nhập tại Công ty nay đề nghị ủy quyền cho Công ty quyết toán thì Công ty thực hiện khai điều chỉnh theo quy định tại Khoản 5 Điều 10 Thông tư 156/2013/TT-BTC, phải nộp tiền thuế phát sinh thêm và tiền chậm nộp phát sinh (nếu có).

Trường hợp Công ty đã kê khai quyết toán thuế TNCN năm 2016 nay phát hiện có sai sót (sai thông tin số lượng người phụ thuộc dẫn đến số liệu quyết toán thuế không chính xác), thì Công ty thực hiện kê khai điều chỉnh theo quy định tại Khoản 5 Điều 10 Thông tư số 156/2013/TT-BTC.