Tại Tiết a Khoản 5 Điều 10 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản Lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế quy định:

“Sau khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

Đối với loại thuế có kỳ quyết toán thuế năm: Trường hợp chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế tạm nộp của tháng, quý có sai sót, đồng thời tổng hợp số liệu khai bổ sung vào hồ sơ khai quyết toán thuế năm. Trường hợp đã nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì chỉ khai bổ sung hồ sơ khai quyết toán thuế năm. Trường hợp hồ sơ khai bổ sung hồ sơ quyết toán thuế năm làm giảm số thuế phải nộp nếu cần xác định lại số thuế phải nộp của tháng, quý thì khai bổ sung hồ sơ khai tháng, quý và tính lại tiền chậm nộp (nếu có).

Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế; nếu cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh:

- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuề đã nộp còn sai sót nhưng không liên quan đến thời kỳ, phạm vi đã kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và phải nộp tiền chậm nộp theo quy định.

- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót liên quan đến thời kỳ đã kiểm tra, thanh tra nhưng không thuộc phạm vi đã kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và phải nộp tiền chậm nộp theo quy định.

- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót liên quan đến thời kỳ, phạm vi đã kiểm tra, thanh tra dẫn đến phát sinh tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế đã được hoàn, giảm số thuế được khấu trừ, giảm số thuế đã nộp thừa thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và bị xử lý theo quy định như đối với trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện.

Trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế liên quan đến tăng, giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ thì người nộp thuế thực hiện khai điều chỉnh vào hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế nhận được kết luận, quyết định xử lý về thuế theo kết luận, quyết định xử lý về thuế của cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền (người nộp thuế không phải lập hồ sơ khai bổ sung);”

Căn cứ Thông tư số 111/2013/TT-BTCngày 15/08/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế thu nhập cá nhân;

+ Tại Khoản 2 Điều 25 quy định:

“Chứng từ khấu trừ

a) Tổ chức, cá nhân trả các khoản thu nhập đã khấu trừ thuế theo hướng dẫn tại khoản 1, Điều này phải cấp chứng từ khấu trừ thuế theo yêu cầu của cá nhân bị khấu trừ. Trường hợp cá nhân ủy quyền quyết toán thuế thì không cấp chứng từ khấu trừ.

b) Cấp chứng từ khấu trừ trong một số trường hợp cụ thể như sau:

b.1) Đối với cá nhân không ký hợp đồng lao động hoặc ký hợp đồng lao động dưới ba (03) tháng: cá nhân có quyền yêu cầu tổ chức, cá nhân trả thu nhập cấp chứng từ khấu trừ cho mỗi lần khấu trừ thuế hoặc cấp một chứng từ khấu trừ cho nhiều lần khấu trừ thuế trong một kỳ tính thuế.

…

b.2) Đối với cá nhân ký hợp đồng lao động từ ba (03) tháng trở lên: tổ chức, cá nhân trả thu nhập chỉ cấp cho cá nhân một chứng từ khấu trừ trong một kỳ tính thuế.

…”.

+ Tại Khoản 1c Điều 26 quy định:

“Tổ chức, cá nhân trả thu nhập thuộc diện chịu thuế thu nhập cá nhân không phân biệt có phát sinh khấu trừ thuế hay không phát sinh khấu trừ thuế có trách nhiệm khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân và quyết toán thuế thu nhập cá nhân thay cho các cá nhân có ủy quyền.”

Căn cứ Khoản 1 Điều 21 Thông tư số 92/2015/TT-BTC ngày 15/06/2015 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung tiết a3, điểm a, Khoản 1 Điều 16 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn khai thuế, nộp thuế đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập chịu thuế thu nhập cá nhân:

“a.3) Tổ chức, cá nhân trả thu nhập thuộc diện chịu thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công có trách nhiệm khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân và quyết toán thuế thu nhập cá nhân thay cho các cá nhân có ủy quyền không phân biệt có phát sinh khấu trừ thuế hay không phát sinh khấu trừ thuế. Trường hợp tổ chức, cá nhân không phát sinh trả thu nhập thì không phải khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân.

…”.

Căn cứ Khoản 3 Mục II Công văn số 801/TCT-TNCNngày 02/03/2016 của Tổng Cục Thuế hướng dẫn quyết toán thuế TNCN năm 2015 và cấp MST NPT hướng dẫn:

“Trường hợp điều chỉnh sau khi đã ủy quyền quyết toán thuế

Cá nhân sau khi đã ủy quyền quyết toán thuế, tổ chức trả thu nhập đã thực hiện quyết toán thuế thay cho cá nhân, nếu phát hiện cá nhân thuộc diện trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế thì tổ chức trả thu nhập không điều chỉnh lại quyết toán thuế TNCN của tổ chức trả thu nhập, chỉ cấp chứng từ khấu trừ thuế cho cá nhân theo số quyết toán và ghi vào góc dưới bên trái của chứng từ khấu trừ thuế nội dung: “Công ty... đã quyết toán thuế TNCN thay cho Ông/Bà... (theo ủy quyền) tại dòng (số thứ tự)... của Phụ lục Bảng kê 05-1/BK-TNCN” để cá nhân trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế.”

Căn cứ quy định trên:

Trường hợp Công ty đã thực hiện quyết toán thay thuế TNCN cho người lao động thì về nguyên tắc Công ty không được cấp chứng từ khấu trừ thuế. Trường hợp Công ty phát hiện các trường hợp đã quyết toán cho người lao động nhưng không có Giấy ủy quyền của người lao động (do Công ty đã làm thất lạc giấy ủy quyền quyết toán thuế của cá nhân) thì Công ty thực hiện cấp chứng từ khấu trừ theo hướng dẫn tại Khoản 3 Mục II Công văn số 801/TCT-TNCN nêu trên.