Theo khoản 3 Điều 5 Thông tư 16/2013/TT-BNNPTNT, trình tự, thời gian giải quyết khi có ý kiến của người thứ ba về việc cấp bằng bảo hộ giống cây trồng được quy định như sau:

a) Trong thời hạn ba mươi (30) ngày làm việc kể từ ngày nhận được ý kiến của người thứ ba, Cục Trồng trọt thông báo cho người nộp đơn đăng ký bảo hộ;

b) Người nộp đơn đăng ký bảo hộ có trách nhiệm trả lời bằng văn bản tới Cục Trồng trọt trong thời hạn ba mươi (30) ngày làm việc kể từ ngày ký thông báo của Cục Trồng trọt;

c) Trong thời hạn mười lăm (15) ngày làm việc kể từ ngày nhận được ý kiến phản hồi của người nộp đơn đăng ký bảo hộ, nếu thấy cần thiết, Cục Trồng trọt có thể tổ chức đối thoại trực tiếp giữa người thứ ba và người nộp đơn đăng ký bảo hộ hoặc thông báo ý kiến phản hồi cho người thứ ba;

d) Người thứ ba có trách nhiệm trả lời bằng văn bản tới Cục Trồng trọt trong thời hạn tối đa là ba mươi (30) ngày làm việc kể từ ngày ký thông báo của Cục Trồng trọt;

đ) Trường hợp có đủ căn cứ kết luận ý kiến của người thứ ba là không có cơ sở: trong thời hạn là mười lăm (15) ngày làm việc kể từ ngày nhận được ý kiến trả lời của người thứ ba, Cục Trồng trọt phải thông báo cho người thứ ba về việc từ chối xem xét, có nêu rõ lý do;

e) Trường hợp chưa đủ căn cứ kết luận ý kiến của người thứ ba là không có cơ sở: trong thời hạn ba mươi (30) ngày làm việc kể từ ngày nhận được ý kiến trả lời của người thứ ba, Cục Trồng trọt thông báo để người thứ ba yêu cầu Tòa án giải quyết theo thủ tục tố tụng dân sự. Trong thời hạn ba mươi (30) ngày làm việc kể từ ngày ra thông báo, nếu không nhận được trả lời bằng văn bản của người thứ ba về việc đã nộp đơn cho Tòa án thì Cục Trồng trọt coi như người thứ ba đã rút bỏ ý kiến phản đối. Nếu nhận được trả lời của người thứ ba, Cục Trồng trọt tạm dừng việc xử lý đơn đăng ký bảo hộ để chờ kết quả giải quyết tranh chấp của Tòa án. Sau khi nhận được kết quả giải quyết của Tòa án, việc xử lý đơn đăng ký bảo hộ sẽ được tiến hành phù hợp với kết quả đó và thông báo bằng văn bản cho người thứ ba trong thời hạn mười lăm (15) ngày làm việc.