Tại Khoản 11 và Khoản 32 Điều 1 Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13 (sửa đổi bổ sung Điều 42 và Điều 106 Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11) quy định:

“11. Điều 42 được sửa đổi, bổ sung như sau:

Điều 42. Thời hạn nộp thuế

1. Trường hợp người nộp thuế tính thuế, thời hạn nộp thuế chậm nhất là ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ khai thuế.

…

32. Điều 106 được sửa đổi, bổ sung như sau:

“Điều 106: Xử lý đối với việc chậm nộp tiền thuế

1. Người nộp thuế chậm nộp tiền thuế so với thời hạn quy định, thời hạn gia hạn nộp thuế, thời hạn ghi trong thông báo của cơ quan quản lý thuế, thời hạn trong quyết định xử lý của cơ quan quản lý thuế thì phải nộp đủ tiền thuế và tiền chậm nộp theo mức lũy tiến 05%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp đối với số ngày chậm nộp không quá chín mươi ngày; 0,07%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp đối với số ngày chậm nộp vượt quá thời hạn chín mươi ngày.”

Tại Điểm a Khoản 1 và Điểm b Khoản 2 Điều 33 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về việc xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quy định:

“1. Tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt được coi là nộp thừa khi:

a) Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp đối với từng loại thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) quy định của mục lục NSNN trong thời hạn 10 (mười) năm tính từ ngày nộp tiền vào NSNN. Đối với loại thuế phải quyết toán thuế thì người nộp thuế chỉ được xác định số thuế nộp thừa khi có số thuế đã nộp lớn hơn số thuế phải nộp theo quyết toán thuế.

…

2. Người nộp thuế có quyền giải quyết số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo thứ tự quy định sau:

b) Bù trừ tự động với số tiền phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo của từng loại thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) quy định của mục lục NSNN (trừ trường hợp nêu tại Điểm b Khoản 1 Điều này). Trường hợp quá 06 (sáu) tháng kể từ thời điểm phát sinh số tiền thuế nộp thừa mà không phát sinh khoản phải nộp tiếp theo thì thực hiện theo hướng dẫn tại Điểm c Khoản này.

…”