Tại khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế TTĐB và Luật Quản lý thuế quy định về hoàn thuế GTGT:

“3. Khoản 1 và Khoản 2 Điều 13 được sửa đổi, bổ sung như sau:

“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.”

Tại khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế TTĐB và Luật Quản lý thuế quy định về hoàn thuế GTGT:

“6. Điều 10 được sửa đổi, bổ sung như sau:

“Điều 10. Hoàn thuế GTGT

1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.”

Tại khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01 tháng 7 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế TTĐB và Luật Quản lý thuế và sửa đổi một số điều tại các Thông tư về thuế hướng dẫn về hoàn thuế GTGT:

“3. Sửa đổi, bổ sung Điều 18 như sau:

“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.”

Căn cứ các quy định trên:

1. Trường hợp Công ty bán sản phẩm nông nghiệp chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp ở khâu kinh doanh thương mại thì thuộc đối tượng không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo hướng dẫn tại khoản 5 Điều 5 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính. Thuế GTGT đầu vào sử dụng cho các hoạt động, bán hàng hóa, dịch vụ không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT được kê khai, khấu trừ theo quy định tại khoản 11 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính.

2. Đối với số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong kỳ tính thuế, Công ty thực hiện khấu trừ vào kỳ tiếp theo theo quy định tại Luật số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016, Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ và Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài Chính.