Căn cứ Khoản 1 Điều 24 Quyết định số 1209/QĐ-TCT ngày 23/6/2015 của Bộ Tài chính quy định về xử lý hóa đơn sau khi lập và xác thực:

“1. Doanh nghiệp bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ thực hiện lập hóa đơn thay thế, hóa đơn điều chỉnh, xóa bỏ hóa đơn xác thực trong các trường hợp sau:

a) Trường hợp hóa đơn đã xác thực và gửi cho người mua nhưng chưa giao hàng hóa, cung ứng dịch vụ hoặc hóa đơn đã xác thực và gửi cho người mua, người bán và người mua chưa kê khai thuế nếu phát hiện sai phải xóa bỏ. Việc xóa bỏ hóa đơn phải có sự đồng ý và xác nhận của người bán và người mua.

Người bán thực hiện lập hóa đơn thay thế để gửi cho người mua. Trên hóa đơn thay thế có hiển thị dòng chữ “Thay thế cho hóa đơn xác thực số...” Quy trình lập và cấp mã xác thực hóa đơn thay thế thực hiện theo hướng dẫn tại Quy định này.

b) Trường hợp hóa đơn đã xác thực và gửi cho người mua, đã giao hàng hóa, cung ứng dịch vụ, người bán và người mua đã kê khai thuế, sau đó phát hiện có sai sót thì người bán và người mua lập văn bản thỏa thuận ghi rõ sai sót, đồng thời người bán lập hóa đơn điều chỉnh sai sót. Trên hóa đơn điều chỉnh có hiển thị dòng chữ “Điều chỉnh cho hóa đơn xác thực số...” Hóa đơn điều chỉnh không được ghi số âm (-). Quy trình lập và xác thực hóa đơn điều chỉnh thực hiện theo hướng dẫn tại Quy định này.

c) Trường hợp hóa đơn đã xác thực nhưng chưa gửi cho người mua nếu phát hiện sai sót phải xóa bỏ.”

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp hóa đơn điện tử của công ty đã được cơ quan thuế xác thực, đã gửi cho người mua, đã giao hàng hóa cung ứng dịch vụ nhưng do lỗi thao tác dẫn đến hóa đơn điện tử bị hủy nhầm thì hóa đơn điện tử này sẽ không có giá trị sử dụng và không thể khôi phục lại được. Công ty lập văn bản thỏa thuận với bên mua ghi rõ sai sót, đồng thời lập hóa đơn điện tử mới thay thể cho hóa đơn bị hủy. Công ty chịu trách nhiệm về việc lập hóa đơn điện tử mới thay thế theo quy định của pháp luật.