Trình tự thủ tục cấp giấp phép nuôi trồng trên biển đối với nhà đầu tư nước ngoài, tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài  được quy định như sau:

Bước 1: chuẩn bị hồ sơ đăng ký

- Đơn đăng ký theo Mẫu số 29.NT Phụ lục III ban hành kèm theo Nghị định 26/2019/NĐ-CP;

- Bản thuyết minh dự án nuôi trồng thủy sản theo Mẫu số 30.NT Phụ lục III ban hành kèm theo Nghị định 26/2019/NĐ-CP;

- Báo cáo đánh giá tác động môi trường nuôi trồng thủy sản hoặc bản cam kết bảo vệ môi trường và kế hoạch bảo vệ môi trường được cơ quan có thẩm quyền thẩm định theo quy định;

- Sơ đồ khu vực biển kèm theo tọa độ các điểm góc của khu vực biển đề nghị giao

Lưu ý: Trường hợp hồ sơ là bản bằng chữ nước ngoài phải có bản dịch ra tiếng Việt. Tổ chức, cá nhân chịu trách nhiệm về tính hợp pháp của hồ sơ đã nộp.

Bước 2: Nộp hồ sơ

- Cơ quan nhận hồ sơ: Tổng cục Thủy sản

- Hình thức nộp hồ sơ:

+ nộp trực tiếp hoặc gửi qua dịch vụ bưu chính: các thành phần hồ sơ phải là bản chính hoặc bản sao chứng thực hoặc bản chụp có đóng dấu của cơ sở. Cơ quan giải quyết thủ tục hành chính kiểm tra thành phần hồ sơ và trả lời ngay khi tổ chức, cá nhân đến nộp hồ sơ;

+ nộp qua môi trường mạng (cơ chế một cửa quốc gia, dịch vụ công trực tuyến, phần mềm điện tử, email, fax): các thành phần hồ sơ phải được scan, chụp từ bản chính. Trong thời hạn không quá 02 ngày làm việc, Cơ quan giải quyết thủ tục hành chính xem xét tính đầy đủ, nếu hồ sơ chưa đầy đủ theo quy định, Cơ quan giải quyết thủ tục hành chính thông báo cho tổ chức, cá nhân biết để bổ sung.

- Số lượng hồ sơ: 01 bộ.

Bước 3: Cấp Giấy phép

Trong thời hạn 90 ngày, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ theo quy định, Tổng cục Thủy sản tổ chức thẩm tra hồ sơ; tham mưu Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn xin ý kiến của địa phương nơi có khu vực biển, Hội Nghề cá Việt Nam, Hiệp hội nuôi biển, Bộ Quốc phòng, Bộ Ngoại giao, Bộ Công an, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ Công Thương, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Bộ Giao thông vận tải. Trường hợp cần thiết, Tổng cục Thủy sản tổ chức kiểm tra, khảo sát thực tế tại địa điểm tổ chức, cá nhân đề nghị cấp phép nuôi trồng thủy sản;

c) Sau khi tổng hợp, tiếp thu ý kiến của các bộ, ngành, địa phương và đơn vị có liên quan: Trường hợp tất cả ý kiến đồng ý, trong thời hạn 05 ngày làm việc Tổng cục Thủy sản tham mưu Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cấp phép nuôi trồng thủy sản trên biển theo Mẫu số 31.NT Phụ lục III ban hành kèm theo Nghị định 26/2019/NĐ-CP. Trường hợp có ít nhất 01 ý kiến không đồng ý về việc cấp phép nuôi trồng thủy sản trên biển đối với nhà đầu tư nước ngoài, tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn báo cáo xin ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ; trong thời hạn 07 ngày làm việc sau khi có ý kiến của Thủ tướng Chính phủ, Tổng cục Thủy sản tham mưu Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cấp phép nuôi trồng thủy sản trên biển theo Mẫu số 31.NT Phụ lục III ban hành kèm theo Nghị định này. Trường hợp không cấp phép Tổng cục Thủy sản trả lời bằng văn bản, nêu rõ lý do.