Theo quy định Nghị định 06/2019/NĐ-CP Cơ quan thẩm quyền quản lý CITES Việt Nam có chức năng, nhiệm vụ sau:

o Đại diện Việt Nam tham gia, đảm bảo thực hiện các quyền và nghĩa vụ của quốc gia thành viên CITES tại các cuộc họp Hội nghị các nước thành viên CITES;

o Chủ trì, phối hợp với các Cơ quan khoa học CITES Việt Nam và các cơ quan, tổ chức liên quan trong việc thực thi CITES tại Việt Nam;

o Tổ chức thực hiện các hoạt động quan hệ quốc tế; truyền thông về thực thi CITES và phòng chống buôn bán trái pháp luật các loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp;

o Dịch và công bố danh mục các loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp quy định tại các Phụ lục CITES sau khi được Hội nghị các quốc gia thành viên thông qua việc bổ sung, sửa đổi; dịch và công bố hướng dẫn của CITES về việc lấy mẫu giám định động vật, thực vật hoang dã nguy cấp;

o Đề xuất sửa đổi, bổ sung danh mục các loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp quy định tại các Phụ lục CITES;

o Cấp, thu hồi giấy phép, chứng chỉ quy định tại Nghị định 06/2019/NĐ-CP và xác nhận theo yêu cầu của quốc gia nhập khẩu;

o In ấn, phát hành giấy phép, giấy chứng chỉ CITES;

o Hướng dẫn, cấp, hủy mã số cơ sở nuôi, trồng thực vật rừng, động vật rừng nguy cấp, quý, hiếm và động vật, thực vật hoang dã nguy cấp thuộc các Phụ lục CITES; đăng ký tới Ban Thư ký CITES các cơ sở nuôi, trồng các loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp quy định tại Phụ lục I CITES vì mục đích thương mại đủ điều kiện xuất khẩu;

o Tổ chức kiểm tra hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, tái xuất khẩu, nhập nội từ biển và quá cảnh mẫu vật các loài thực vật rừng, động vật rừng nguy cấp, quý, hiếm và các loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp thuộc các Phụ lục CITES tại khu vực cửa khẩu;

o Xử lý và hướng dẫn xử lý mẫu vật quy định tại các Phụ lục CITES bị tịch thu theo quy định của pháp luật Việt Nam và CITES;

o Chủ trì phối hợp với các bên có liên quan tổ chức đào tạo, hướng dẫn nghiệp vụ cho các cơ quan quản lý, tổ chức, hộ gia đình, cá nhân có liên quan về việc thực thi CITES;

o Đại diện Việt Nam trong các hiệp định song phương, đa phương về kiểm soát buôn bán mẫu vật động vật, thực vật hoang dã nguy cấp thuộc các Phụ lục CITES.