Theo quy định tại Điểm 41.4 Thông tư số 01/2007/TT-BKHCN, đơn đăng ký quốc tế nhãn hiệu có nguồn gốc Việt Nam được nộp cho Văn phòng quốc tế thông qua Cục Sở hữu trí tuệ (Việt Nam). Cục Sở hữu trí tuệ có trách nhiệm chuyển đơn đăng ký quốc tế nhãn hiệu cho Văn phòng quốc tế trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhận được đủ tài liệu đơn hợp lệ theo quy định.

Ngày Cục Sở hữu trí tuệ nhận được đơn đăng ký quốc tế nhãn hiệu sẽ được coi là ngày nộp đơn đăng ký quốc tế nhãn hiệu trong trường hợp Văn phòng quốc tế nhận được đơn đó trong vòng 02 tháng kể từ ngày ghi trên dấu nhận đơn của Cục Sở hữu trí tuệ. Trường hợp đơn không được người nộp đơn hoàn thiện để gửi đến Văn phòng quốc tế trong thời hạn nói trên thì ngày nhận được đơn tại Văn phòng quốc tế sẽ được coi là ngày nộp đơn đăng ký quốc tế nhãn hiệu.

Theo quy định tại Điểm 41.4 Thông tư số 01/2007/TT-BKHCN, sau khi đơn được nộp cho Văn phòng quốc tế, mọi giao dịch giữa người nộp đơn và Văn phòng quốc tế liên quan đến việc sửa đổi tên, địa chỉ, hạn chế danh mục hàng hoá, dịch vụ ghi trong đơn đăng ký quốc tế nhãn hiệu, đăng ký quốc tế nhãn hiệu, gia hạn hiệu lực đăng ký quốc tế nhãn hiệu được làm theo mẫu 08-SĐQT quy định tại Phụ lục C của Thông tư số 01/2007/TT-BKHCNvà đều thông qua Cục Sở hữu trí tuệ. Người nộp đơn phải nộp các khoản phí, lệ phí cho các giao dịch đó theo quy định.

Chủ sở hữu nhãn hiệu phải thông qua Cục Sở hữu trí tuệ (hoặc có thể trực tiếp yêu cầu Văn phòng quốc tế đối với đăng ký quốc tế nhãn hiệu tại nước chỉ là thành viên Nghị định thư Madrid) để yêu cầu Văn phòng quốc tế ghi nhận việc chuyển nhượng quyền sở hữu nhãn hiệu theo đăng ký quốc tế nhãn hiệu, tuân theo quy định của điều ước quốc tế liên quan và phải nộp các khoản phí, lệ phí theo quy định.