Theo quy định tại Điều 6 Nghị định 88/2010/NĐ-CP, đối với giống cây trồng được chọn tạo hoặc phát hiện và phát triển bằng ngân sách nhà nước thì việc đăng ký bảo hộ quyền được quy định như sau:

- Giống cây trồng được chọn tạo hoặc phát hiện và phát triển toàn bộ bằng ngân sách nhà nước thì tổ chức trực tiếp chọn tạo hoặc phát hiện và phát triển giống cây trồng đó được Nhà nước giao quyền chủ sở hữu; là chủ đơn đăng ký bảo hộ quyền đối với giống cây trồng và được thực hiện quyền của chủ bằng bảo hộ;

- Giống cây trồng được chọn tạo hoặc phát hiện và phát triển bằng nhiều nguồn vốn, trong đó có một phần từ ngân sách nhà nước thì tổ chức được Nhà nước giao sử dụng vốn trực tiếp tham gia chọn tạo hoặc phát hiện và phát triển giống cây trồng đó được giao quyền chủ sở hữu đối với phần vốn nhà nước và thực hiện quyền nộp đơn đăng ký bảo hộ tương ứng với tỷ lệ góp vốn của Nhà nước.