Tại Khoản 3 Điều 10 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế TNDN sửa đổi, bổ sung Khoản 5 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC như sau:

“5. Về dự án đầu tư mới:

a) Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế TNDN quy định tại Điều 15, Điều 16 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP là:

- Dự án được cấp Giấy chứng nhận đầu tư lần đầu từ ngày 01/01/2014 và phát sinh doanh thu của dự án đó sau khi được cấp Giấy chứng nhận đầu tư.

- Dự án đầu tư trong nước gắn với việc thành lập doanh nghiệp mới có vốn đầu tư dưới 15 tỷ đồng Việt Nam và không thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp từ ngày 01/01/2014.

- Dự án đầu tư độc lập với dự án doanh nghiệp đang hoạt động (kể cả trường hợp dự án có vốn đầu tư dưới 15 tỷ đồng Việt Nam và không thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện) có Giấy chứng nhận đầu tư từ ngày 01/01/2014 để thực hiện dự án đầu tư độc lập này.

…

Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo quy định phải được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc được phép đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

b) Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo diện đầu tư mới không bao gồm các trường hợp sau:

- Dự án đầu tư hình thành từ việc: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi hình thức doanh nghiệp theo quy định của pháp luật;

- Dự án đầu tư hình thành từ việc chuyển đổi chủ sở hữu (bao gồm cả trường hợp thực hiện dự án đầu tư mới nhưng vẫn kế thừa tài sản, địa điểm kinh doanh, ngành nghề kinh doanh của doanh nghiệp cũ để tiếp tục hoạt động sản xuất kinh doanh; mua lại dự án đầu tư đang hoạt động).

Doanh nghiệp thành lập hoặc doanh nghiệp có dựán đầu tư từ việc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chuyển đổi sở hữu, chia tách, sáp nhập, hợp nhất được kế thừa các ưu đãi về thuế TNDN của doanh nghiệp hoặc dự án đầu tư trước khi chuyển đổi, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất trong thời gian còn lại nếu tiếp tục đáp ứng các điều kiện ưu đãi thuế TNDN.

c) Đối với doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo diện doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư chỉ áp dụng đối với thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư ghi trong giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy chứng nhận đầu tư lần đầu của doanh nghiệp...”.

- Tại Khoản 2 Điều 10 Thông tư số 96/2015/TT-BTC nêu trên sửa đổi, bổ sung Khoản 4 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC như sau:

“4. Doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế TNDN do đáp ứng điều kiện về lĩnh vực ưu đãi đầu tư, địa bàn ưu đãi đầu tư xác định ưu đãi như sau:

…

b) Doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế TNDN do đáp ứng điều kiện ưu đãi về địa bàn (bao gồm cả khu công nghiệp, khu kinh tế, khu công nghệ cao) thì thu nhập được hưởng ưu đãi thuế TNDN là toàn bộ thu nhập phát sinh từ hoạt động sản xuất kinh doanh trên địa bàn ưu đãi trừ các khoản thu nhập nêu tại điểm a, b, c Khoản 1 Điều này.

…

- Doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế TNDN do đáp ứng điều kiện về địa bàn có phát sinh thu nhập ngoài địa bàn thực hiện dự án đầu tư thì:

(i) Nếu khoản thu nhập này phát sinh tại địa bàn không thuộc địa bàn ưu đãi đầu tư thì không được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo điều kiện địa bàn.

(ii) Nếu khoản thu nhập này phát sinh tại địa bàn thuộc địa bàn ưu đãi đầu tư thì được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo điều kiện địa bàn. Việc xác định ưu đãi thuế TNDN đối với khoản thu nhập này được xác định theo từng địa bàn căn cứ theo thời gian và mức ưu đãi thuế TNDN của doanh nghiệp tại địa bàn thực hiện dự án đầu tư...”.

Căn cứ các quy định nêu trên, về nguyên tắc doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế TNDN do đáp ứng điều kiện ưu đãi về địa bàn thì thu nhập được hưởng ưu đãi là toàn bộ thu nhập phát sinh từ hoạt động sản xuất kinh doanh của dự án đầu tư trên địa bàn ưu đãi trừ các khoản thu nhập không được hưởng ưu đãi theo quy định của Luật Thuế TNDN (như chuyển nhượng dự án, chuyển nhượng bất động sản, khai thác khoáng sản, sản xuất, kinh doanh hàng hóa dịch vụ chịu thuế tiêu thụ đặc biệt).