Theo quy định tại Điểm a.2 Khoản 1, Khoản 4 Điều 17 Chương V Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định về căn cứ tính thuế đối với thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản.

Tại Khoản 18 Điều 1 Nghị định số 11/2012/NĐ-CP ngày 22/2/2012 của Chính phủ về sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 163/2006/NĐ-CP ngày 29/12/2006 của Chính phủ về giao dịch bảo đảm.

Tại nội dung công văn số 17554/BTC-CST ngày 25/11/2015 của Bộ Tài chính về xác định nghĩa vụ thuế TNDN khi xử lý tài sản bảo đảm là bất động sản để gán nợ:

“Trường hợp doanh nghiệp thế chấp tài sản bảo đảm là bất động sản mà không có khả năng trả nợ và phải bàn giao chính tài sản bảo đảm đó cho TCTD theo thỏa thuận để thay thế cho việc thực hiện nghĩa vụ được đảm bảo (gán nợ) mà sau khi bàn giao tài sản, doanh nghiệp không nhận được bất kỳ khoản tiền nào từ việc bàn giao tài sản bảo đảm và không phát sinh thu nhập thì doanh nghiệp không phải kê khai, nộp thuế TNDN đối với việc gán nợ bằng tài sản bảo đảm. Trường hợp doanh nghiệp có phát sinh thu nhập từ việc bàn giao tài sản bảo đảm là bất động sản để gán nợ thì doanh nghiệp phải kê khai và nộp thuế TNDN theo quy định…”

Như vậy, trong trường hợp Công ty bạn và Ngân hàng TMCP Ngoại thương Việt Nam đã thỏa thuận bàn giao tài sản bảo đảm là quyền sử dụng đất của Công ty để thay thế nghĩa vụ trả nợ cho nhóm Công ty cổ phần HH, thì nghĩa vụ thuế TNDN được xác định như sau:

- Nếu việc bàn giao của Công ty bạn có thực hiện chuyển quyền sử dụng đất sang cho ngân hàng theo giá hai bên thỏa thuận lớn hơn giá vốn theo sổ sách kế toán của Công ty bạn thì Công ty thực hiện nghĩa vụ thuế TNDN đối với giao dịch chuyển nhượng bất động sản theo quy định. Trường hợp giá thỏa thuận giữa hai bên thấp hơn hoặc bằng giá vốn của bất động sản thì Công ty bạn không phải chịu thuế TNDN;

- Nếu việc bàn giao tài sản của Công ty bạn cho ngân hàng quản lý mà tài sản bảo đảm vẫn thuộc sở hữu của Công ty bạn, khi ngân hàng thực hiện xử lý tài sản bảo đảm để thu hồi nợ thì nghĩa vụ nộp thuế là của Công ty bạn. Tuy nhiên, trong trường hợp này ngân hàng phải kê khai nộp thay thuế cho Công ty bạn theo hướng dẫn tại khoản 4, khoản 5 Điều 17 Thông tư số 78/2014/TT-BTC. Thu nhập chịu thuế là phần chênh lệch giữa giá chuyển nhượng với giá vốn bất động sản theo sổ sách kế toán của Công ty bạn và các chi phí liên quan có chứng từ hợp lệ.