Căn cứ Khoản 8 Điều 1 Thông tư 60/2019/TT-BTC Sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 39/2015/TT-BTC Quy định về trị giá hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu:

“8. Điều 14 được sửa đổi, bổ sung như sau:

“Điều 14. Phí bản quyền, phí giấy phép

8. Thủ tục khai báo, kiểm tra:

a) Trường hợp phí bản quyền, phí giấy phép xác định được tại thời điểm đăng ký tờ khai:

a.1) Người khai hải quan tự khai báo khoản phí bản quyền, phí giấy phép trên tờ khai hàng hóa nhập khẩu hoặc tờ khai trị giá hải quan (nếu có);

a.2) Cơ quan hải quan kiểm tra và xử lý kết quả kiểm tra theo quy định tại Điều 25 Thông tư quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

b) Trường hợp phí bản quyền, phí giấy phép không xác định được tại thời điểm đăng ký tờ khai do phụ thuộc vào doanh thu bán hàng sau nhập khẩu hay lý do khác được quy định cụ thể tại hợp đồng mua bán hàng hóa hoặc văn bản thỏa thuận riêng về việc trả phí bản quyền, phí giấy phép, thủ tục khai báo, kiểm tra thực hiện như sau:

b.1) Tại thời điểm đăng ký tờ khai, người khai hải quan khai báo rõ lý do chưa khai báo được khoản phí bản quyền, phí giấy phép tại ô “Chi tiết khai trị giá” trên tờ khai hàng hóa nhập khẩu. Trường hợp người khai hải quan có số liệu về khoản phí bản quyền, phí giấy phép thì thực hiện khai báo khoản phí này trên tờ khai hàng hóa nhập khẩu tại thời điểm đăng ký tờ khai và nộp thuế theo quy định;

Trong thời hạn 05 ngày kể từ ngày thực trả, người khai hải quan thực hiện khai báo, tính số thuế phải nộp đối với khoản phí bản quyền, phí giấy phép thực tế đã trả trên tờ khai bổ sung sau thông quan, đồng thời nộp đủ tiền thuế theo quy định.

b.2) Cơ quan hải quan kiểm tra các chứng từ, tài liệu có liên quan đến khoản phí bản quyền, phí giấy phép và khai báo của người khai hải quan và xử lý như sau:

b.2.1) Trường hợp người khai hải quan khai báo không đúng khoản phí bản quyền, phí giấy phép theo quy định nêu tại điểm b.1 Khoản này, cơ quan hải quan yêu cầu người khai hải quan khai báo bổ sung, xử lý vi phạm theo quy định. Nếu người khai hải quan không khai báo bổ sung trong thời hạn 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận được yêu cầu khai bổ sung, cơ quan hải quan xác định trị giá hải quan, ấn định thuế, thu đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp, xử lý vi phạm theo quy định;

b.2.2) Trường hợp người khai hải quan khai báo quá 05 ngày kể từ ngày thực trả khoản phí bản quyền, phí giấy phép theo quy định nêu tại điểm b.1 Khoản này, cơ quan hải quan thực hiện xử phạt theo quy định;

b.2.3) Trường hợp người khai hải quan khai báo và xác định trị giá theo đúng quy định tại điểm b.1 Khoản này thì cơ quan hải quan chấp nhận trị giá khai báo.

…”.”

Căn cứ vào quy định trên trường hợp của doanh nghiệp bạn chính là trường hợp khoản phí bản quyền của hàng hóa nhập khẩu được xác định phụ thuộc vào doanh thu bán hàng hóa nhập khẩu sau nhập khẩu và số tiền chính thức phải trả chỉ được xác định sau khi kết thúc năm tài chính theo thỏa thuận. Do vậy, tại thời điểm đăng ký tờ khai, người khai hải quan khai báo rõ lý do chưa khai báo được khoản phí bản quyền trên tờ khai hải quan. Trong thời hạn 05 ngày kể từ ngày thực trả (ngày thanh toán số tiền phí bản quyền chính thức), Công ty thực hiện khai báo trên tờ khai bổ sung sau thông quan, nộp đủ tiền thuế. Trường hợp Công ty không kê khai hoặc kê khai không đúng quy định thì bị xử lý theo quy định của pháp luật.

Đối với việc phân bổ khoản phí bản quyền thì căn cứ vào Điều 16 Thông tư số 39/2015/TT-BTC Quy định về trị giá hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu:

“Điều 16. Phân bổ các khoản điều chỉnh

1. Trường hợp khoản điều chỉnh cộng hoặc điều chỉnh trừ đủ điều kiện để cộng vào hoặc trừ ra khỏi trị giá hải quan của hàng hóa nhập khẩu nhưng hợp đồng mua bán hoặc các chứng từ, tài liệu liên quan đến khoản điều chỉnh cộng hoặc điều chỉnh trừ đó không ghi chi tiết cho từng loại hàng hóa, thì người khai hải quan lựa chọn phương pháp phân bổ quy định tại Khoản 2 Điều này (trừ các khoản điều chỉnh có quy định phân bổ riêng quy định tại Điều 13 và Điều 15 Thông tư này), để phân bổ các khoản điều chỉnh đó cho từng loại hàng hóa theo nguyên tắc trị giá khoản điều chỉnh phải được phân bổ hết cho hàng hóa nhập khẩu chịu khoản điều chỉnh đó.

2. Phương pháp phân bổ: Người khai hải quan lựa chọn một trong các phương pháp phân bổ sau:

a) Phân bổ theo số lượng;

b) Phân bổ theo trọng lượng;

c) Phân bổ theo thể tích;

d) Phân bổ theo trị giá hóa đơn”

Theo đó, việc phân bổ khoản phí bản quyền theo nguyên tắc trị giá khoản phí bản quyền được phân bổ hết cho hàng hóa nhập khẩu theo một trong các phương pháp phân bổ được quy định ở trên. Trường hợp số lượng tờ khai hải quan lớn, số lượng dòng hàng cần khai báo bổ sung nhiều thì người khai hải quan kê khai nộp bổ sung khoản phí bản quyền theo bảng kê khai tổng hợp các tờ khai phải khai báo trên cùng một tờ khai bổ sung đảm bảo nguyên tắc trị giá khoản phí bản quyền được phân bổ hết cho hàng hóa nhập khẩu; cơ quan hải quan nơi tiếp nhận hồ sơ khai bổ sung thực hiện kiểm tra hồ sơ khai báo và chịu trách nhiệm về tính chính xác của số liệu.