Căn cứ quy định tại Điều 42 Luật Kế toán 2015 về trách nhiệm của đơn vị kế toán trong trường hợp tài liệu kế toán bị mất hoặc bị hủy hoại;

“Điều 42. Trách nhiệm của đơn vị kế toán trong trường hợp tài liệu kế toán bị mất hoặc bị hủy hoại.

Khi phát hiện tài liệu kế toán bị mất hoặc bị hủy hoại, đơn vị kế toán phải thực hiện ngay các công việc sau đây:

1. Kiểm tra, xác định và lập biên bản về số lượng, hiện trạng, nguyên nhân tài liệu kế toán bị mất hoặc bị hủy hoại; thông báo cho tổ chức, cá nhân có liên quan và cơ quan nhà nước có thẩm quyền;

2. Tổ chức phục hồi lại tài liệu kế toán bị hư hỏng;

3. Liên hệ với tổ chức, cá nhân có giao dịch tài liệu, số liệu kế toán để được sao chụp hoặc xác nhận lại tài liệu kế toán bị mất hoặc bị hủy hoại;

4. Đối với tài liệu kế toán có liên quan đến tài sản nhưng không thể phục hồi bằng các biện pháp quy định tại Khoản 2 và Khoản 3 Điều này thì phải kiểm kê tài sản để lập lại tài liệu kế toán bị mất hoặc bị hủy hoại.”

Căn cứ quy định tại Điều 24 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/03/2014 của Bộ Tài chính về xử lý trong trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn;

“Điều 24. Xử lý trong trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn

1. Tổ chức, hộ, cá nhân kinh doanh nếu phát hiện mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập hoặc chưa lập phải lập báo cáo về việc mất, cháy, hỏng và thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp (mẫu số 3.8 Phụ lục 3 ban hành kèm theo Thông tư này) chậm nhất không quá năm (05) ngày kể từ ngày xảy ra việc mất, cháy, hỏng hóa đơn. Trường hợp ngày cuối cùng (ngày thứ 05) trùng với ngày nghỉ theo quy định của pháp luật thì ngày cuối cùng của thời hạn được tính là ngày tiếp theo của ngày nghỉ đó.

2. Trường hợp khi bán hàng hóa, dịch vụ người bán đã lập hóa đơn theo đúng quy định nhưng sau đó người bán hoặc người mua làm mất, cháy, hỏng liên 2 hóa đơn bản gốc đã lập thì người bán và người mua lập biên bản ghi nhận sự việc, trong biên bản ghi rõ liên 1 của hóa đơn người bán hàng khai, nộp thuế trong tháng nào, ký và ghi rõ họ tên của người đại diện theo pháp luật (hoặc người được ủy quyền), đóng dấu (nếu có) trên biên bản và người bán sao chụp liên 1 của hóa đơn, ký xác nhận của người đại diện theo pháp luật và đóng dấu trên bản sao hóa đơn để giao cho người mua. Người mua được sử dụng hóa đơn bản sao có ký xác nhận, đóng dấu (nếu có) của người bán kèm theo biên bản về việc mất, cháy, hỏng liên 2 hóa đơn để làm chứng từ kế toán và kê khai thuế. Người bán và người mua phải chịu trách nhiệm về tính chính xác của việc mất, cháy, hỏng hóa đơn.

Trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn liên 2 đã sử dụng có liên quan đến bên thứ ba (ví dụ: bên thứ ba là bên vận chuyển hàng hoặc bên chuyển hóa đơn) thì căn cứ vào việc bên thứ ba do người bán hoặc người mua thuê để xác định trách nhiệm và xử phạt người bán hoặc người mua theo quy định.”

Căn cứ quy định tại Điều 27 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/03/2014 của Bộ Tài chính về báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn;

Tại Điều 22 Nghị định số 105/2013/NĐ-CP quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực kế toán, kiểm toán độc lập quy định:

“Điều 12. Xử phạt hành vi vi phạm quy định về bảo quản, lưu trữ tài liệu kế toán

1. Cảnh cáo hoặc phạt tiền từ 500.000 đồng đến 1.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sau đây:

…

d) Bảo quản tài liệu kế toán không an toàn, để hư hỏng, mất mát tài liệu trong thời hạn lưu trữ.

3. Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 10.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sau đây:

a) Sử dụng tài liệu kế toán trong thời hạn lưu trữ không đúng quy định;

b) Không thực hiện việc tổ chức kiểm kê, phân loại, phục hồi tài liệu kế toán bị mất mát hoặc bị hủy hoại.

…

Căn cứ Khoản 6 Điều 3 Nghị định 49/2016/NĐ-CP ngày 27/05/2016 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 109/2013/NĐ-CP ngày 24/09/2013 quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực quản lý giá, phí, lệ phí, hóa đơn sửa đổi, bổ sung Khoản 1 Điều 39 Nghị định 109/2013/NĐ-CP như sau:

“1. Phạt tiền từ 4.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng đối với hành vi làm mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập (liên giao chọ khách hàng) để hạch toán kế toán, kê khai thuế và thanh toán vốn ngân sách; trừ trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn do thiên tai, hỏa hoạn hoặc do sự kiện bất ngờ, sự kiện bất khả kháng khác thì không bị xử phạt tiền.

Trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập (liên giao cho khách hàng), người bán và người mua lập biên bản ghi nhận sự việc, người bán đã kê khai, nộp thuế, có hợp đồng, chứng từ chứng minh việc mua bán hàng hóa và có một tình tiết giảm nhẹ thì xử phạt ở mức tối thiểu của khung tiền phạt; nếu có từ hai tình tiết giảm nhẹ thì xử phạt cảnh cáo.

Trường hợp người mua tìm lại được hóa đơn đã mất khi cơ quan thuế chưa ban hành quyết định xử phạt thì người mua không bị phạt tiền”.

Căn cứ Điều 5 Thông tư 10/2014/TT-BTC ngày 17/01/2014 của Bộ Tài chính Hướng dẫn xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn như sau:

“ 1. Thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hóa đơn là 01 năm.

Đối với hành vi vi phạm hành chính về hóa đơn dẫn đến trốn thuế, gian lận thuế, nộp chậm tiền thuế, khai thiếu nghĩa vụ thuế thì thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính theo quy định của pháp luật về thuế là 5 năm.

2. Thời điểm để tính thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn quy định tại Khoản 1 Điều này được tính như sau:

Đối với vi phạm hành chính về hóa đơn đã kết thúc thì thời hiệu được tính từ thời điểm chấm dứt hành vi vi phạm;

Đối với vi phạm hành chính về hóa đơn đang được thực hiện thì thời hiệu được tính từ thời điểm phát hiện hành vi vi phạm.

3. Trường hợp xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn đối với cá nhân do cơ quan tiến hành tố tụng chuyển đến thì thời hiệu được áp dụng theo quy định tại Khoản 1 và Khoản 2 Điều này. Thời gian cơ quan tiến hành tố tụng thụ lý, xem xét được tính vào thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính.

4. Trong thời hạn quy định tại Khoản 1 và Khoản 2 Điều này, tổ chức, cá nhân cố tình trốn tránh, cản trở việc xử phạt thì thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn được tính lại kể từ thời điểm chấm dứt hành vi trốn tránh, cản trở việc xử phạt.

5. Thời hạn được coi là chưa bị xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn

Tổ chức, cá nhân bị xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn, nếu trong thời hạn 06 tháng, kể từ ngày chấp hành xong quyết định xử phạt cảnh cáo hoặc 01 năm, kể từ ngày chấp hành xong quyết định xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn theo hình thức phạt tiền (là ngày thực hiện xong các nghĩa vụ, yêu cầu ghi trong quyết định xử phạt hoặc từ ngày quyết định xử phạt được cưỡng chế thi hành) hoặc từ ngày hết thời hiệu thi hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính mà không tái phạm thì được coi là chưa bị xử phạt vi phạm hành chính.”

Căn cứ Khoản 6 Điều 1 Thông tư 176/2016/TT-BTC ngày 31/10/2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 10/2014/TT-BTC ngày 17/01/2017 của Bộ Tài chính hướng dẫn xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn sửa đổi, bổ sung Khoản 1 Điều 12 Thông tư số 10/2014/TT-BTC như sau:

“1. Phạt tiền từ 4.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng đối với hành vi làm mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập (liên giao cho khách hàng) để hạch toán kế toán, kê khai thuế và thanh toán vốn ngân sách; trừ trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn do thiên tai, hỏa hoạn hoặc do sự kiện bất ngờ, sự kiện bất khả kháng khác thì không bị xử phạt tiền.

Trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập (liên giao cho khách hàng), người bán và người mua lập biên bản ghi nhận sự việc, người bán đã kê khai, nộp thuế, có hợp đồng, chứng từ chứng minh việc mua bán hàng hóa, dịch vụ và có một tình tiết giảm nhẹ thì xử phạt ở mức tối thiểu của khung tiền phạt; nếu có từ hai tình tiết giảm nhẹ thì xử phạt cảnh cáo.

Trường hợp người mua tìm lại được hóa đơn đã mất và báo cáo lại với cơ quan thuế trước khi cơ quan thuế ban hành quyết định xử phạt thì người mua không bị phạt tiền.

Trường hợp trong cùng một thời điểm, tổ chức, cá nhân thông báo mất nhiều số hóa đơn cho cơ quan thuế nhưng cơ quan thuế đủ căn cứ xác định tổ chức, cá nhân gộp nhiều lần mất hóa đơn để báo cáo cơ quan thuế thì xử phạt theo từng lần mất hóa đơn.

Trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập (liên giao cho khách hàng) có liên quan đến bên thứ ba, bên thứ ba do người mua thuê thì xử phạt người mua theo quy định tại khoản này.

Trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập (liên giao chọ khách hàng) trong thời gian lưu trữ thì xử phạt theo pháp luật về kế toán.”

Căn cứ quy định trên, Cơ quan thuế sẽ kiểm tra việc chấp hành quy định về việc lập, sử đụng, lưu trữ hóa đơn chứng từ của Nhà thầu chính để làm rõ nguyên nhân mất hóa đơn đầu vào; việc hạch toán kế toán, kê khai nộp thuế của đơn vị để xử lý theo quy định.