Theo quy định tại Điều 4 Nghị định 105/2006/NĐ-CP, việc lựa chọn áp dụng biện pháp dân sự, biện pháp hành chính hay biện pháp hình sự để bảo vệ quyền sở hữu trí tuệ sẽ dựa vào tính chất và mức độ của hành vi xâm phạm. Cụ thể:

- Biện pháp dân sự được áp dụng để xử lý hành vi xâm phạm theo yêu cầu của chủ thể quyền sở hữu trí tuệ hoặc của tổ chức, cá nhân bị thiệt hại do hành vi xâm phạm gây ra, kể cả khi hành vi đó đã hoặc đang bị xử lý bằng biện pháp hành chính hoặc biện pháp hình sự.

Thủ tục yêu cầu áp dụng biện pháp dân sự, thẩm quyền, trình tự, thủ tục áp dụng biện pháp dân sự tuân theo quy định của pháp luật về tố tụng dân sự.

- Biện pháp hành chính được áp dụng để xử lý hành vi xâm phạm thuộc một trong các trường hợp quy định tại Điều 211 của Luật Sở hữu trí tuệ, theo yêu cầu của chủ thể quyền sở hữu trí tuệ, tổ chức, cá nhân bị thiệt hại do hành vi xâm phạm gây ra, tổ chức, cá nhân phát hiện hành vi xâm phạm hoặc do cơ quan có thẩm quyền chủ động phát hiện.

Hình thức, mức phạt, thẩm quyền, thủ tục xử phạt hành vi xâm phạm và các biện pháp khắc phục hậu quả tuân theo quy định của Luật Sở hữu trí tuệ và pháp luật về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực quyền tác giả và quyền liên quan, quyền sở hữu công nghiệp, quyền đối với giống cây trồng.

- Biện pháp hình sự được áp dụng để xử lý hành vi xâm phạm trong trường hợp hành vi đó có yếu tố cấu thành tội phạm theo quy định của Bộ luật Hình sự.

Thẩm quyền, trình tự, thủ tục áp dụng biện pháp hình sự tuân theo quy định của pháp luật về tố tụng hình sự.