Ngày 13/12/2016, Tổng cục Thuế đã có Công văn số 5768/TCT-PC về việc xử phạt vi phạm hành chính đối với trường hợp làm mất biên lai thu phí, lệ phí hoặc biên lai thu các khoản thuế ủy nhiệm thu tại UBND cấp xã, trong đó đã trích dẫn căn cứ pháp lý và hướng dẫn cụ thể về việc xử phạt vi phạm hành chính đối với hành vi làm mất biên lai thu phí, lệ phí của UBND cấp xã. Cụ thể:

"Căn cứ các quy định hướng dẫn Luật Xử phạt vi phạm hành chính, Luật Quản lý thuế, Luật Tổ chức HĐND và UBND, Luật Tổ chức chính quyền địa phương… Tổng cục thuế cho biết: Trường hợp UBND cấp xã đặt in hoặc được cơ quan thuế cấp biên lai (kể cả trường hợp cấp biên lai có thu tiền theo giá đảm bảo bù đắp chi phí in ấn, phát hành theo quy định) để thực hiện thu phí, lệ phí (phí sử dụng đường bộ đối với mô tô; lệ phí cấp bản sao, lệ phí chứng thực,…) hoặc thu một số khoản thuế theo ủy nhiệm thu theo đúng quy định của pháp luật thì UBND cấp xã là đơn vị có trách nhiệm quản lý, sử dụng biên lai theo đúng quy định.

Chính vì vậy, trong trường hợp làm mất biên lai thu phí, lệ phí, biên lai thu các khoản ủy nhiệm thu tại UBND cấp xã thì đối tượng bị xử phạt vi phạm hành chính (nếu có) là UBND cấp xã.

Tuy nhiên, do UBND cấp xã là cơ quan nhà nước và việc thu các khoản phí, lệ phí và một số khoản thuế theo ủy nhiệm thu là thực hiện thu theo đúng chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà nước được giao nên không xử phạt theo quy định của pháp luật về xử lý vi phạm hành chính, mà bị xử lý theo quy định của pháp luật có liên quan quy định tại Điều 1 Nghị định 81/2013/NĐ-CP (hiện nay Nghị định này đã được sửa đổi bởi Nghị định 97/2017/NĐ-CP) trích dẫn nêu trên đối với hành vi làm mất biên lai thu các khoản thuế ủy nhiệm thu và biên lai thu phí, lệ phí.

Việc xử lý trách nhiệm của cá nhân trực tiếp làm mất biên lai nêu cá nhân đó là cán bộ, công chức của UBND xã theo đúng quy định của Luật Cán bộ, công chức thì thực hiện theo quy định của luật.

Đối với cá nhân trực tiếp làm mất biên lai là lao động hợp đồng không phải là cán bộ, công chức thì không thuộc đối tượng điều chỉnh của Luật Cán bộ, công chức nên việc xử lý trách nhiệm theo quy định của Bộ luật Lao động. Thẩm quyền xử lý trách nhiệm thuộc UBND xã."

Như vậy, khi Tổ trưởng tổ dân phố được giao cho việc thu nộp biên lai thuế mà làm mất biên lai thì sẽ xử lý theo quy định đã hướng dẫn nêu trên.

Về mức xử phạt đối với hành vi làm mất biên lai thu phí, lệ phí:

Tại Điều 32 Nghị định số 109/2013/NĐ-CP được sửa đổi bởi Khoản 4 Điều 2 Nghị định 49/2016/NĐ-CP và tại Điều 14 Thông tư 186/2013/TT-BTC Hướng dẫn thực hiện xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực quản lý phí, lệ phí đều đã quy định mức xử phạt đối với hành vi mất chứng từ thu phí, lệ phí thuộc Ngân sách Nhà nước như sau:

1. Phạt cảnh cáo đối với hành vi làm mất liên của mỗi số chứng từ không có mệnh giá, trừ liên giao cho người nộp tiền của chứng từ chưa sử dụng, áp dụng trong trường hợp vi phạm lần đầu.

2. Phạt tiền từ 100.000 đồng đến 300.000 đồng đối với hành vi làm mất các liên của mỗi số chứng từ không có mệnh giá, trừ liên giao cho người nộp tiền của chứng từ chưa sử dụng, áp dụng trong trường hợp vi phạm từ lần thứ hai trở đi.

3. Phạt tiền từ 300.000 đồng đến 500.000 đồng đối với hành vi làm mất liên giao cho người nộp tiền của mỗi số chứng từ không có mệnh giá chưa sử dụng;

4. Đối với hành vi làm mất mỗi số của chứng từ thu phí, lệ phí có mệnh giá thì mức phạt tiền tối đa bằng mệnh giá in trên chứng từ thu phí, lệ phí. Số tiền phạt tối thiểu đối với hành vi làm chứng từ thu phí, lệ phí có mệnh giá là 50.000 đồng.