Theo quy định của khoản 3 Điều 44 của Luật Doanh nghiệp năm 2014, việc quản lý, sử dụng và lưu trữ con dấu theo quy định của điều lệ công ty. Quy định này đã tăng tính chủ động và linh hoạt cho doanh nghiệp trong quá trình sử dụng con dấu nói riêng và hoạt động kinh doanh nói chung. Vì vậy, khi soạn thảo Điều lệ công ty, chủ thể có thẩm quyền soạn thảo và ban hành điều lệ có thể quyết định các vấn đề trong quản lý, sử dụng và lưu trữ con dấu.

Tuy nhiên, để bảo đảm hiệu lực của Luật Doanh nghiệp năm 2014, đồng thời giải quyết các trường hợp doanh nghiệp sử dụng con dấu theo Luật Doanh nghiệp năm 2005 trước đây, Điều 15 Nghị định số 96/2015/NĐ-CP quy định xử lý như sau:

(i) Các doanh nghiệp đã thành lập trước ngày 01 tháng 7 năm 2015 tiếp tục sử dụng con dấu đã được cấp cho doanh nghiệp mà không phải thực hiện thông báo mẫu con dấu cho cơ quan đăng ký kinh doanh (ĐKKD). Trường hợp doanh nghiệp làm thêm con dấu, thay đổi màu mực dấu thì thực hiện thủ tục thông báo mẫu con dấu theo quy định về đăng ký doanh nghiệp.

(ii) Trường hợp doanh nghiệp đã thành lập trước ngày 01 tháng 7 năm 2015 làm con dấu mới theo quy định tại Nghị định này thì phải nộp lại con dấu và Giấy chứng nhận đăng ký mẫu dấu cho cơ quan công an nơi đã cấp Giấy chứng nhận đăng ký mẫu dấu. Cơ quan công an cấp giấy biên nhận đã nhận lại con dấu tại thời điểm tiếp nhận lại con dấu của doanh nghiệp.

(iii) Trường hợp doanh nghiệp đã thành lập trước ngày 01 tháng 7 năm 2015 bị mất con dấu, mất Giấy chứng nhận đăng ký mẫu dấu thì doanh nghiệp được làm con dấu theo quy định tại Nghị định số 96/2015/NĐ-CP; đồng thời thông báo việc mất con dấu, mất Giấy chứng nhận đăng ký mẫu dấu cho cơ quan công an nơi đã cấp Giấy chứng nhận đăng ký mẫu dấu.

Doanh nghiệp có trách nhiệm thông báo mẫu con dấu với cơ quan ĐKKD nơi doanh nghiệp có trụ sở chính để đăng tải công khai trên Cổng thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp trong các trường hợp sau: Một là, làm con dấu lần đầu sau khi đăng ký doanh nghiệp; Hai là, thay đổi số lượng, nội dung, hình thức mẫu con dấu và mầu mực dấu; Ba là, hủy mẫu con dấu.