Căn cứ Thông tư liên tịch số 12/2016/TTLT-BKHCN-BTC ngày 28/6/2016 của Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Tài chính hướng dẫn nội dung chi và quản lý quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp, tại Khoản 3 Điều 14 quy định xử lý Quỹ khi doanh nghiệp không sử dụng, sử dụng không hết và sử dụng không đúng mục đích:

“3. Trong thời hạn 05 năm, kể từ khi trích lập, tổng số tiền đã sử dụng và số tiền nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia hoặc Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của các bộ chủ quản, tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp đăng ký nộp thuế không hết 70% số quỹ đã trích lập kể cả nhận điều chuyển (nếu có) thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế TNDN tính trên số tiền Quỹ còn lại và phần lãi phát sinh từ số thuế TNDN đó.

Thuế suất thuế TNDN dùng để tính số thuế thu hồi là thuế suất áp dụng cho doanh nghiệp trong thời gian trích lập Quỹ.

Lãi suất tính lãi đối với số thuế thu hồi tính trên phần quỹ không sử dụng hết là lãi suất trái phiếu kho bạc loại kỳ hạn một năm (hoặc lãi suất tín phiếu kho bạc loại kỳ hạn một năm) áp dụng tại thời điểm thu hồi và thời gian tính lãi là hai năm.”

Căn cứ Công văn số 5874/TCT-DNL ngày 22/12/2017 của Tổng cục Thuế về việc kê khai, nộp thuế TNDN.

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp công ty hoàn nhập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ đã trích chưa sử dụng trong thời gian 05 năm kể từ khi trích lập thì không phải nộp tiền lãi tương ứng với số thuế TNDN phát sinh do hoàn nhập quỹ khoa học và công nghệ. Sau thời hạn 05 năm kể từ khi trích lập quỹ khoa học và công nghệ, nếu công ty không sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% hoặc sử dụng không đúng mục đích thì công ty phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế TNDN tính trên khoản thu nhập đã trích quỹ mà không sử dụng hoặc sử dụng không đúng mục đích và phần lãi phát sinh từ số thuế TNDN đó theo quy định.