Theo quy định tại Điều 170 Luật Sở hữu trí tuệ, trong các trường hợp sau bằng bảo hộ giống cây trồng có thể bị đình chỉ hiệu lực trong các trường hợp sau:

- Giống cây trồng được bảo hộ không còn đáp ứng điều kiện về tính đồng nhất và tính ổn định như tại thời điểm cấp bằng;

- Chủ bằng bảo hộ không nộp lệ phí duy trì hiệu lực theo quy định;

- Chủ bằng bảo hộ không cung cấp tài liệu, vật liệu nhân giống cần thiết để duy trì và lưu giữ giống cây trồng theo quy định;

- Chủ bằng bảo hộ không thay đổi tên giống cây trồng theo yêu cầu của cơ quan quản lý nhà nước về quyền đối với giống cây trồng.

Theo quy định tại Điều 21 Nghị định 88/2010/NĐ-CP, bằng bảo hộ giống cây trồng rơi vào các trường hợp bị đình chỉ hiệu lực, cơ quan quản lý nhà nước về quyền đối với giống cây trồng sẽ xử lý như sau:

a) Trong vòng ba mươi (30) ngày, kể từ ngày nhận được yêu cầu đình chỉ hiệu lực bằng bảo hộ giống cây trồng của bất kỳ bên thứ ba nào, cơ quan bảo hộ giống cây trồng phải hoàn thành việc xác minh thông tin nêu trong đơn yêu cầu và thông báo cho chủ bằng bảo hộ giống cây trồng. Yêu cầu đình chỉ hiệu lực bằng bảo hộ giống cây trồng phải được thể hiện bằng văn bản kèm theo chứng cứ chứng minh giống cây trồng không đáp ứng tính đồng nhất và tính ổn định như tại thời điểm cấp bằng bảo hộ và nộp phí khảo nghiệm lại (trường hợp quy định tại điểm c khoản 1 Điều này);

b) Sau ba mươi (30) ngày, kể từ ngày nhận được thông báo của cơ quan bảo hộ giống cây trồng về ý kiến phản hồi quy định tại điểm a, khoản 1 Điều này mà chủ bằng bảo hộ giống cây trồng không có đơn phản đối thì Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ra quyết định đình chỉ hiệu lực bằng bảo hộ giống cây trồng. Thời điểm đình chỉ có hiệu lực tính từ ngày ký quyết định đình chỉ hiệu lực bằng bảo hộ và được công bố trên tạp chí chuyên ngành về giống cây trồng;

c) Trường hợp chủ bằng bảo hộ giống cây trồng có đơn phản đối thì cơ quan bảo hộ giống cây trồng yêu cầu chủ bằng bảo hộ thực hiện các thủ tục khảo nghiệm lại như quy định tại khoản 4 Điều 15 của Nghị định này. Nếu kết quả khảo nghiệm lại do cơ quan khảo nghiệm quy định tại điểm a khoản 1 Điều 15 của Nghị định này thực hiện cho thấy giống cây trồng không đáp ứng tính đồng nhất hoặc tính ổn định như tại thời điểm cấp bằng thì cơ quan bảo hộ giống cây trồng làm thủ tục đình chỉ như quy định tại điểm b khoản này và trả lại phí khảo nghiệm lại cho người yêu cầu đình chỉ hiệu lực bằng bảo hộ.

Theo quy định tại Điều 20 Thông tư 16/2013/TT-BNNPTNT, đình chỉ hiệu lực giống cây trồng được thực hiện theo quy định sau:

1. Trong thời hạn hiệu lực của bằng bảo hộ, bất cứ bên thứ ba nào cũng có quyền gửi một (01) bộ hồ sơ đề nghị đình chỉ hiệu lực bằng bảo hộ cho Cục Trồng trọt với lý do giống cây trồng được bảo hộ không đáp ứng tính đồng nhất và tính ổn định như tại thời điểm cấp bằng theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 170 Luật Sở hữu trí tuệ. Hồ sơ gồm:

a) Đơn đề nghị đình chỉ hiệu lực bằng bảo hộ làm theo mẫu tại Phụ lục 17 của Thông tư này;

b) Tài liệu, chứng cứ chứng minh giống cây trồng không đáp ứng tính đồng nhất và tính ổn định như tại thời điểm cấp bằng bảo hộ;

c) Bản sao chụp biên lai thu phí khảo nghiệm lại và bản fax giấy tờ chứng minh đã chuyển tiền vào tài khoản của Cục Trồng trọt.

2. Trình tự và thời gian giải quyết

a) Trong vòng ba mươi (30) ngày làm việc kể từ ngày nhận được yêu cầu đình chỉ hiệu lực bằng bảo hộ giống cây trồng của bất kỳ bên thứ ba nào, Cục Trồng trọt phải hoàn thành việc xác minh thông tin nêu trong đơn yêu cầu; nếu có đủ căn cứ thì thông báo dự kiến đình chỉ cho chủ bằng bảo hộ giống cây trồng; nếu không đủ căn cứ thì thông báo cho bên thứ ba và nêu rõ lý do. Yêu cầu đình chỉ hiệu lực bằng bảo hộ giống cây trồng phải được thể hiện bằng văn bản kèm theo chứng cứ chứng minh giống cây trồng không đáp ứng tính đồng nhất và tính ổn định như tại thời điểm cấp bằng bảo hộ và nộp phí khảo nghiệm lại;

b) Sau ba mươi (30) ngày làm việc kể từ ngày ra thông báo dự kiến đình chỉ của cơ quan bảo hộ giống cây trồng mà chủ bằng bảo hộ giống cây trồng không có đơn phản đối thì Cục Trồng trọt ký quyết định đình chỉ hiệu lực bằng bảo hộ giống cây trồng và thông báo cho bên thứ ba. Thời điểm đình chỉ có hiệu lực tính từ ngày ký quyết định đình chỉ hiệu lực bằng bảo hộ và được công bố trên website của Văn phòng Bảo hộ giống cây trồng mới hoặc trên Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển nông thôn;

c) Trường hợp chủ bằng bảo hộ giống cây trồng có đơn phản đối, trong vòng ba mươi (30) ngày làm việc thì kể từ khi nhận được đơn phản đối, Cục Trồng trọt yêu cầu chủ bằng bảo hộ thực hiện các thủ tục khảo nghiệm lại như quy định tại khoản 4 Điều 15 của Nghị định 88/2010/NĐ-CP; việc khảo nghiệm lại do cơ quan khảo nghiệm quy định tại điểm a khoản 1 Điều 15 của Nghị định 88/2010/NĐ-CP thực hiện.

Nếu kết quả khảo nghiệm lại cho thấy giống cây trồng không đáp ứng tính đồng nhất hoặc tính ổn định như tại thời điểm cấp bằng thì trong vòng ba mươi (30) ngày làm việc kể từ ngày nhận được kết quả khảo nghiệm lại, Cục Trồng trọt làm thủ tục đình chỉ như quy định tại điểm b khoản này và trả lại phí khảo nghiệm lại cho người yêu cầu đình chỉ hiệu lực bằng bảo hộ.

Nếu kết quả khảo nghiệm lại cho thấy giống cây trồng đáp ứng tính đồng nhất hoặc tính ổn định như tại thời điểm cấp bằng thì trong vòng mười lăm (15) ngày làm việc kể từ ngày nhận được kết quả khảo nghiệm lại, Cục Trồng trọt thông báo cho bên thứ ba biết.