Theo quy định tại khoản 3 Điều 19 Thông tư 16/2013/TT-BNNPTNT, trình tự, thời gian giải quyết việc cấp lại bằng bảo hộ giống cây trồng được quy định như sau:

- Trong thời hạn ba (03) ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ, Cục Trồng trọt xác định tính đầy đủ theo quy định của hồ sơ, gửi yêu cầu bổ sung trong trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ theo quy định;

- Trong thời hạn mười lăm (15) ngày làm việc kể từ khi nhận được hồ sơ đầy đủ theo quy định, Cục trưởng Cục Trồng trọt ký quyết định cấp lại bằng bảo hộ giống cây trồng, ghi nhận vào Sổ đăng ký quốc gia. Trường hợp không giải quyết, phải thông báo bằng văn bản, nêu rõ lý do.