Căn cứ Tiết d.1 Điểm d Khoản 1 Điều 2 Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn về đối lượng áp dụng của Luật Quản lý thuế:

“1. Người nộp thuế bao gồm:

…

d) Tổ chức, cá nhân khấu trừ thuế, bao gồm:

 d.1) Tổ chức, cá nhân là bên Việt Nam ký hợp đồng với tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam hoặc có thu nhập tại Việt Nam mà tổ chức, cá nhân nước ngoài thực hiện nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp, nộp thuế TNDN theo tỷ lệ % tính trên doanh thu;”

Căn cứ Điểm a Khoản 3 Điều 2 Thông tư số 26/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 20 Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế:

“3. Sửa đổi Điều 20 như sau:

a) Sửa đổi Điểm d Khoản 3 Điều 20 như sau:

“d) Khai thuế đối với hãng vận tải nước ngoài

Tổ chức làm đại lý tàu biển hoặc đại lý giao nhận vận chuyển hàng hóa cho các hãng vận tải nước ngoài (sau đây gọi chung là đại lý của hãng vận tải) có trách nhiệm khấu trừ và nộp thuế thay cho các hãng vận tải nước ngoài.

Hồ sơ khai thuế đối với hãng vận tải nước ngoài được nộp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên đại lý của hãng vận tải.

Khai thuế đối với hãng vận tải nước ngoài là tạm nộp theo quý và quyết toán theo năm.”

Căn cứ các quy định trên, trường hợp công ty bạn (công ty mẹ) có trụ sở tại TP.Hải Phòng trực tiếp ký hợp đồng làm đại lý cho hãng tàu PL (nhà thầu nước ngoài), làm dịch vụ giao nhận hàng hóa tại Hải Phòng và TP.HCM thì về nguyên tắc công ty bạn có trách nhiệm khấu trừ và nộp thuế thay cho nhà thầu nước ngoài. Trường hợp công ty thực hiện dịch vụ giao nhận hàng hóa cho nhà thầu nước ngoài, thanh toán tiền cho nhà thầu nước ngoài thì công ty có nghĩa vụ khấu trừ, khai nộp thuế nhà thầu tại Cục Thuế TP.HCM.