Tại khoản 5 Điều 2 Thông tư số 111/2013/TT-BTCngày 15/8/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Luật Thuế thu nhập cá nhân, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế thu nhập cá nhân Nghị định số 65/2013/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Thuế thu nhập cá nhân và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế thu nhập cá nhân hướng dẫn thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản: “Thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản là khoản thu nhập nhận được từ việc chuyển nhượng bất động sản bao gồm:

a) Thu nhập từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất...”.

Tại khoản 1 Điều 3 Thông tư số 111/2013/TT-BTC ngày 15/8/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về khoản thu nhập được miễn thuế:

“...n) Thu nhập từ bồi thường hợp đồng bảo hiểm nhân thọ, phi nhân thọ, bảo hiểm sức khỏe; tiền bồi thường tai nạn lao động; tiền bồi thường, hỗ trợ theo quy định của pháp luật về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư; các khoản bồi thường Nhà nước và các khoản bồi thường khác theo quy định của pháp luật về bồi thường Nhà nước. Cụ thể như sau:

n.3) Thu nhập từ bồi thường, hỗ trợ theo quy định của pháp luật về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư là tiền bồi thường, hỗ trợ do Nhà nước thu hồi đất, kể cả các khoản thu nhập do các tổ chức kinh tế bồi thường, hỗ trợ khi thực hiện thu hồi đất theo quy định.

Căn cứ để xác định thu nhập từ bồi thường, hỗ trợ theo quy định của pháp luật về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư là quyết định của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền về việc thu hồi đất, bồi thường tái định cư và chứng từ chi tiền bồi thường.”

Tại Khoản 3 Điều 17 Thông tư số 92/2015/TT-BTC ngày 15 tháng 6 năm 2015 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 12 Thông tư số 111/2013/TT-BTCnhư sau: Thời điểm tính thuế từ chuyển nhượng bất động sản được xác định như sau: “...Thời điểm tính thuế từ chuyển nhượng bất động sản được xác định như sau:

- Trường hợp hợp đồng chuyển nhượng không có thỏa thuận bên mua là người nộp thuế thay cho bên bán thì thời điểm tính thuế là thời điểm hợp đồng chuyển nhượng có hiệu lực theo quy định của pháp luật;

- Trường hợp hợp đồng chuyển nhượng có thỏa thuận bên mua là người nộp thuế thay bên bán thì thời điểm tính thuế là thời điểm làm thủ tục đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng bất động sản.

Trường hợp cá nhân nhận chuyển nhượng nhà ở hình thành trong tương lai, quyền sử dụng đất gắn với công trình xây dựng tương lai là thời điểm cá nhân nộp hồ sơ khai thuế với cơ quan thuế.”

Căn cứ các quy định trên, vì trên Hợp đồng chuyển nhượng quyền sử dụng đất giữa Công ty với các hộ gia đình có thỏa thuận trách nhiệm của Công ty (bên nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất) là khai, nộp tất cả các loại thuế, phí, lệ phí và các chi phí phát sinh liên quan đến việc chuyển nhượng nên khi Công ty thực hiện thủ tục đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng bất động sản phải khai, nộp thuế TNCN thay cho hộ gia đình, cá nhân đối với thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản.