Theo Điều 7 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng quy định:

“Điều 7. Phương pháp khấu trừ thuế

Phương pháp khấu trừ thuế thực hiện theo quy định tại Điều 10 Luật thuế giá trị gia tăng và Khoản 4 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng.

1. Số thuế giá trị gia tăng phải nộp tính theo phương pháp khấu trừ bằng số thuế giá trị gia tăng đầu ra trừ (-) số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ.

2. Số thuế giá trị gia tăng đầu ra bằng tổng số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng.

Thuế giá trị gia tăng ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng bằng giá tính thuế của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế bán ra nhân (x) với thuế suất thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ đó.

Trường hợp sử dụng chứng từ ghi giá thanh toán là giá đã có thuế giá trị gia tăng thì thuế giá trị gia tăng đầu ra được xác định bằng giá thanh toán trừ (-) giá tính thuế xác định theo quy định tại Điểm k Khoản 1 Điều 7 Luật thuế giá trị gia tăng.

3. Số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ được xác định căn cứ vào:

a) Số thuế giá trị gia tăng ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ; chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng của hàng hóa nhập khẩu hoặc nộp thuế đối với trường hợp mua dịch vụ quy định tại Khoản 2 Điều 2 Nghị định này.

Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng chứng từ ghi giá thanh toán đã bao gồm thuế giá trị gia tăng thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ xác định bằng giá thanh toán trừ (-) giá tính thuế quy định tại Điểm k Khoản 1 Điều 7 Luật thuế giá trị gia tăng.

b) Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào thực hiện theo quy định tại Khoản 2 Điều 9 Nghị định này.

4. Phương pháp khấu trừ thuế áp dụng đối với:

a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ một tỷ đồng trở lên từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ, trừ hộ, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp quy định tại Điều 8 Nghị định này.

Thời gian áp dụng ổn định phương pháp tính thuế là hai năm liên tục.

Bộ Tài chính hướng dẫn cách tính doanh thu làm căn cứ xác định cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ và thời gian áp dụng ổn định phương pháp tính thuế quy định tại Điểm này.

b) Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế gồm:

- Doanh nghiệp, hợp tác xã đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ dưới một tỷ đồng đã thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, sổ sách, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ;

- Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ;

- Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm tài sản cố định, máy móc, thiết bị, tổ chức nước ngoài, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam theo hợp đồng nhà thầu, hợp đồng nhà thầu phụ theo hướng dẫn của Bộ Tài chính;

- Tổ chức kinh tế khác hạch toán được thuế giá trị gia tăng đầu vào, đầu ra.

c) Tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ để tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển và khai thác dầu, khí nộp thuế theo phương pháp khấu trừ do bên Việt Nam kê khai khấu trừ nộp thay.

Trường hợp cơ sở kinh doanh có hoạt động mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng hoạt động này để nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng quy định tại Khoản 1 Điều 8 Nghị định này.”