Căn cứ vào Khoản 3 Điều 2 Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 ngày 03 tháng 6 năm 2008 của Quốc hội được sửa đổi, bổ sung theo quy định tại Khoản 1 Điều 1 của Luật số 32/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp thì:

“3. Cơ sở thường trú của doanh nghiệp nước ngoài là cơ sở sản xuất, kinh doanh mà thông qua cơ sở này, doanh nghiệp nước ngoài tiến hành một phần hoặc toàn bộ hoạt động sản xuất, kinh doanh tại Việt Nam, bao gồm:

a) Chi nhánh, văn phòng điều hành, nhà máy, công xưởng, phương tiện vận tải, mỏ dầu, mỏ khí, mỏ hoặc địa điểm khai thác tài nguyên thiên nhiên khác tại Việt Nam;

…”

Theo quy định này, công ty tại Malaysia được xác định là có cơ sở thường trú tại Việt Nam.

Căn cứ vào quy định tại Điểm b Khoản 1 và Điểm b Khoản 2 Điều 9, Thông tư 219/2013/TT-BTC ngày 21/12/2013:

“Điều 9. Thuế suất 0%

1. Thuế suất 0%: áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu; hoạt động xây dựng, lắp đặt công trình ở nước ngoài và ở trong khu phi thuế quan; vận tải quốc tế; hàng hóa, dịch vụ thuộc diện không chịu thuế giá trị gia tăng khi xuất khẩu, trừ các trường hợp không áp dụng mức thuế suất 0% hướng dẫn tại Khoản 3 Điều này.

Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu là hàng hóa, dịch vụ được bán, cung ứng cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và tiêu dùng ở ngoài Việt Nam; bán, cung ứng cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan; hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho khách hàng nước ngoài theo quy định của pháp luật.

…

b. Dịch vụ xuất khẩu bao gồm dịch vụ cung ứng trực tiếp cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và tiêu dùng ở ngoài Việt Nam; cung ứng trực tiếp cho tổ chức, cá nhân ở trong khu phi thuế quan và tiêu dùng trong khu phi thuế quan.

Cá nhân ở nước ngoài là người nước ngoài không cư trú tại Việt Nam, người Việt Nam định cư ở nước ngoài và ở ngoài Việt Nam trong thời gian diễn ra việc cung ứng dịch vụ. Tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan là tổ chức, cá nhân có đăng ký kinh doanh và các trường hợp khác theo quy định của Thủ tướng Chính phủ.

Trường hợp cung cấp dịch vụ mà hoạt động cung cấp vừa diễn ra tại Việt Nam, vừa diễn ra ở ngoài Việt Nam nhưng hợp đồng dịch vụ được ký kết giữa hai người nộp thuế tại Việt Nam hoặc có cơ sở thường trú tại Việt Nam thì thuế suất 0% chỉ áp dụng đối với phần giá trị dịch vụ thực hiện ở ngoài Việt Nam, trừ trường hợp cung cấp dịch vụ bảo hiểm cho hàng hóa nhập khẩu được áp dụng thuế suất 0% trên toàn bộ giá trị hợp đồng. Trường hợp, hợp đồng không xác định riêng phần giá trị dịch vụ thực hiện tại Việt Nam thì giá tính thuế được xác định theo tỷ lệ (%) chi phí phát sinh tại Việt Nam trên tổng chi phí.

Cơ sở kinh doanh cung cấp dịch vụ là người nộp thuế tại Việt Nam phải có tài liệu chứng minh dịch vụ thực hiện ở ngoài Việt Nam.

…

2. Điều kiện áp dụng thuế suất 0%:

…

b) Đối với dịch vụ xuất khẩu:

- Có hợp đồng cung ứng dịch vụ với tổ chức, cá nhân ở nước ngoài hoặc ở trong khu phi thuế quan;

- Có chứng từ thanh toán tiền dịch vụ xuất khẩu qua ngân hàng và các chứng từ khác theo quy định của pháp luật;

…”

Vậy căn cứ vào các quy định trên và thông tin bạn cung cấp cho thấy hợp đồng dịch vụ này là hợp đồng dịch vụ được ký kết giữa người nộp thuế tại Việt Nam (công ty bạn) và bên có cơ sở thường trú tại Việt Nam (công ty Malaysia) và việc cung cấp dịch vụ này vừa diễn ra tại Việt Nam, vừa diễn ra ở ngoài Việt Nam. Vì vậy, trong trường hợp này thuế suất 0% chỉ áp dụng đối với phần giá trị dịch vụ thực hiện ở ngoài Việt Nam. Tuy nhiên, vì bạn không cung cấp rõ thông tin nên chúng tôi tạm chia thành 2 trường hợp:

i) Nếu trong hợp đồng xác định được riêng phần giá trị dịch vụ thực hiện tại Việt Nam thì thuế suất 100% sẽ áp dụng cho phần giá trị dịch vụ này, phần giá trị dịch vụ cung cấp tại Malaysia thì được áp dụng thuế suất 0%.

ii) Nếu trong hợp đồng không xác định riêng phần giá trị dịch vụ thực hiện tại Việt Nam và phần giá trị dịch vụ cung cấp tại Malaysia thì cách tính thuế giá trị gia tăng sẽ áp dụng như sau:

Doanh thu đối với phần dịch vụ thực hiện tại Việt Nam đã bao gồm thuế giá trị gia tăng được xác định như sau:

Phần các chi phí khảo sát, ăn ở, đi lại của các nhân viên công ty bạn khi khảo sát tại Malaysia nếu có tài liệu chứng minh thì doanh thu đối với phần dịch vụ thực hiện tại Malaysia được áp dụng thuế suất 0% và được xác định bằng 1,4 tỷ đồng (2 – 0,6 = 1,4 tỷ đồng).