Căn cứ Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính về việc hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ.

+ Tại khoản 20, Điều 4 quy định về đối tượng không chịu thuế.

“Điều 4. Đối tượng không chịu thuế GTGT

20. Hàng hóa chuyển khẩu, quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam; hàng tạm nhập khẩu, tái xuất khẩu; hàng tạm xuất khẩu, tái nhập khẩu; nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng hóa xuất khẩu theo hợp đồng sản xuất, gia công xuất khẩu ký kết với bên nước ngoài.

Hàng hóa, dịch vụ được mua bán giữa nước ngoài với các khu phi thuế quan và giữa các khu phi thuế quan với nhau.

Khu phi thuế quan bao gồm: khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất, kho bảo thuế, khu bảo thuế, kho ngoại quan, khu kinh tế thương mại đặc biệt, khu thương mại công nghiệp và các khu vực kinh tế khác được thành lập và được hưởng các ưu đãi về thuế như khu phi thuế quan theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ. Quan hệ mua bán trao đổi hàng hóa giữa các khu này với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu...”.

Căn cứ điểm 2.1, Phụ lục 04 về hướng dẫn lập hóa đơn bán hàng hóa, dịch vụ đối với một số trường hợp (Ban hành kèm theo Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính).

“2. Trong một số trường hợp việc sử dụng và ghi hóa đơn, chứng từ được thực hiện cụ thể như sau:

2.1. Tổ chức nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế bán hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, đối tượng được miễn thuế GTGT thì sử dụng hóa đơn GTGT, trên hóa đơn GTGT chỉ ghi dòng giá bán là giá thanh toán, dòng thuế suất; số thuế GTGT không ghi và gạch bỏ”.

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp công ty mua hàng hóa từ nước ngoài về Việt Nam và gửi vào kho ngoại quan, sau đó bán hàng hóa nói trên cho người mua ở Việt Nam thì:

- Trường hợp người mua là doanh nghiệp Việt Nam (không phải doanh nghiệp trong khu phi thuế quan), người mua làm thủ tục nhập khẩu hàng hóa vào nội địa, kê khai, nộp thuế khâu nhập khẩu theo quy định thì hàng hóa này thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

- Trường hợp người mua là doanh nghiệp trong khu phi thuế quan (theo quy định tại khoản 20 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC) thì khi chuyển quyền sở hữu hàng hóa trong kho ngoại quan được xác định là quan hệ mua bán hàng hóa giữa các khu phi thuế quan với nhau thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Cả hai trường hợp trên khi chuyển giao quyền sở hữu hàng hóa cho người mua, công ty sử dụng hóa đơn GTGT để lập và giao cho khách hàng. Trên hóa đơn dòng thuế suất và thuế GTGT không ghi gạch bỏ.