Tại khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế TTĐB và Luật Quản lý thuế quy định về hoàn thuế GTGT:

“3. Khoản 1 và Khoản 2 Điều 13 được sửa đổi, bổ sung như sau:

“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.”.”

Tại khoản 1, khoản 2 Điều 29 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ quy định về xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt nộp thừa.

“1. Tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt được coi là nộp thừa khi:

a) Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp đối với từng loại thuế trong thời hạn mười năm tính từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước; trừ trường hợp quy định tại Khoản 2 Điều 111 Luật Quản lý thuế;

b) Người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn theo quy định của pháp luật về thuế GTGT, thuế TTĐB, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế bảo vệ môi trường, thuế TNCN.

2. Người nộp thuế có quyền yêu cầu cơ quan quản lý thuế giải quyết số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo các cách sau:

a) Bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ;

b) Trừ vào số tiền thuế phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo, trừ trường hợp quy định tại Điểm b Khoản 1 Điều này;

c) Hoàn trả kiêm bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt nộp thừa nếu người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các loại thuế khác hoặc hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.

Căn cứ các quy định trên:

- Trường hợp công ty có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo;

- Trường hợp nếu công ty có số tiền thuế được coi là nộp thừa thì thực hiện theo quy định tại Điều 29 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ và Điều 33 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính về xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt nộp thừa.