Căn cứ Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về Luật Quản lý thuế:

+ Tại Điều 10 quy định chung:

“1. Nguyên tắc tính thuế, khai thuế

…

Đối với loại thuế khai theo tháng hoặc khai theo quý, kỳ tính thuế đầu tiên được tính từ ngày bắt đầu hoạt động kinh doanh đến ngày cuối cùng của tháng hoặc quý, kỳ tính thuế cuối cùng được tính từ ngày đầu tiên của tháng hoặc quý đến ngày kết thúc hoạt động kinh doanh. Kỳ tính thuế năm của thuế TNDN và thuế tài nguyên được tính theo năm dương lịch hoặc năm tài chính của người nộp thuế. Kỳ tính thuế năm của các loại thuế khác là năm dương lịch.

…

5. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế

Sau khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

Đối với loại thuế có kỳ quyết toán thuế năm: Trường hợp chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế tạm nộp của tháng, quý có sai sót, đồng thời tổng hợp số liệu khai bổ sung vào hồ sơ khai quyết toán thuế năm. Trường hợp đã nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì chi khai bổ sung hồ sơ khai quyết toán thuế năm. Trường hợp hồ sơ khai bổ sung hồ sơ quyết toán thuế năm làm giảm số thuế phải nộp nếu cần xác định lại số thuế phải nộp của tháng, quý thì khai bổ sung hồ sơ khai tháng, quý và tính lại tiền chậm nộp (nếu có).

Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế; nếu cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh:

- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót nhưng không liên quan đến thời kỳ, phạm vi đã kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và phải nộp tiền chậm nộp theo quy định.

- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót liên quan đến thời kỳ đã kiểm tra, thanh tra nhưng không thuộc phạm vi đã kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và phải nộp tiền chậm nộp theo quy định.

- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót liên quan đến thời kỳ, phạm vi đã kiểm tra, thanh tra dẫn đến phát sinh tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế đã được hoàn, giảm số thuế được khấu trừ, giảm số thuế đã nộp thừa thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và bị xử lý theo quy định như đối với trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện.

Trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế liên quan đến tăng, giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ thì người nộp thuế thực hiện khai điều chỉnh vào hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế nhận được kết luận, quyết định xử lý về thuế theo kết luận, quyết định xử lý về thuế của cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền (người nộp thuế không phải lập hồ sơ khai bổ sung).

c) Hồ sơ khai bổ sung

- Tờ khai thuế của kỳ tính thuế bị sai sót đã được bổ sung, điều chỉnh;

- Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh mẫu số 01/KHBS ban hành kèm theo Thông tư này (trong trường hợp khai bổ sung, điều chỉnh có phát sinh chênh lệch tiền thuế);

- Tài liệu kèm theo giải thích số liệu trong bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh.

…”

+ Tại Điều 16 quy định:

“1. Khai thuế, nộp thuế đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập chịu thuế TNCN

…

d) Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế

…

- Thời hạn nộp hồ sơ khai quyết toán thuế chậm nhất là ngày thứ 90 (chín mươi) kể từ ngày kết thúc năm dương lịch.”

Căn cứ các quy định trên, kỳ tính thuế đối với thuế TNCN là năm dương lịch, thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế TNCN chậm nhất là ngày thứ 90 (chín mươi) kể từ ngày kết thúc năm dương lịch. Thu nhập tính thuế xác định theo thu nhập công ty chi trả trong năm; Việc công ty thực hiện quyết toán thuế TNCN đối với thu nhập chi trả cho cá nhân từ tháng 12 năm trước đến tháng 11 năm sau là không đúng quy định. Công ty phải thực hiện khai bổ sung, điều chỉnh theo quy định tại Khoản 5 Điều 10 Thông tư 156/2013/TT-BTC.