Điểm 13.2 Thông tư số 01/2007/TT-BKHCN liệt kê các trường hợp mà nếu rơi vào các trường hợp này, đơn được coi là không hợp lệ:

a) Đơn được làm bằng ngôn ngữ khác tiếng Việt, trừ trường hợp quy định tại điểm 7.3 và điểm 7.4 của Thông tư này;

b) Trong tờ khai không có đủ thông tin về tác giả (đối với đơn đăng ký sáng chế, đơn đăng ký kiểu dáng công nghiệp và đơn đăng ký thiết kế bố trí), về người nộp đơn, về người đại diện, không có chữ ký và/hoặc con dấu (nếu có) của người nộp đơn hoặc của người đại diện;

c) Có cơ sở để khẳng định rằng người nộp đơn không có quyền đăng ký;

d) Đơn được nộp trái với quy định tại Điều 89 của Luật Sở hữu trí tuệ;

e) Đơn có các thiếu sót nêu tại điểm 13.3 của Thông tư này ảnh hưởng đến tính hợp lệ của đơn và mặc dù đã được Cục Sở hữu trí tuệ yêu cầu sửa chữa, người nộp đơn vẫn không sửa chữa hoặc sửa chữa không đạt yêu cầu;

g) Có cơ sở để khẳng định ngay rằng, rõ ràng đối tượng nêu trong đơn là đối tượng không được Nhà nước bảo hộ theo quy định tại các điều 59, 64, 69, 73 và Điều 80 của Luật Sở hữu trí tuệ.

h) Đơn được nộp trái với quy định về kiểm soát an ninh đối với sáng chế trước khi đăng ký ra nước ngoài tại khoản 2 Điều 23b của Nghị định số 103/2006/NĐ-CP, kể cả trường hợp đơn quốc tế nộp trực tiếp cho Văn phòng quốc tế.