Theo quy định tại khoản 3 Điều 176 Luật Sở hữu trí tuệ, sau khi thẩm định hình thức đơn đăng ký bảo hộ, cơ quan quản lý nhà nước về quyền đối với giống cây trồng thực hiện các thủ tục sau:

- Trong trường hợp giống cây trồng nêu trong đơn không thuộc loài cây trồng có tên trong Danh mục loài cây trồng được bảo hộ hoặc đơn do người không có quyền đăng ký nộp (kể cả trường hợp quyền đăng ký thuộc nhiều tổ chức, cá nhân, nhưng một hoặc nhiều người trong số đó không đồng ý thực hiện việc đăng ký): ra thông báo từ chối chấp nhận đơn, trong đó nêu rõ lý do từ chối;

- Trong trường hợp đơn không đáp ứng các yêu cầu về hình thức theo quy định: thông báo cho người đăng ký khắc phục những thiếu sót và ấn định trong thời hạn ba mươi ngày, kể từ ngày nhận được thông báo, người đăng ký phải khắc phục các thiếu sót đó;

Nếu người đăng ký không khắc phục thiếu sót hoặc không có ý kiến xác đáng phản đối thông báo quy định trên thì ra thông báo từ chối chấp nhận đơn.

- Trong trường hợp đơn đăng ký hợp lệ hoặc người đăng ký khắc phục thiếu sót đạt yêu cầu hoặc có ý kiến xác đáng phản đối thông báo dự định từ chối đơn: ra thông báo chấp nhận đơn, yêu cầu người đăng ký gửi mẫu giống đến cơ sở khảo nghiệm để tiến hành khảo nghiệm kỹ thuật và thực hiện thủ tục thẩm định nội dung đơn đăng ký bảo hộ.