Theo quy định tại Điều 26 Nghị định 88/2010/NĐ-CP, quy trình xử lý hồ sơ đăng ký hợp đồng chuyển nhượng quyền đối với giống cây trồng được thực hiện như sau:

- Cơ quan bảo hộ giống cây trồng thẩm định hồ sơ đăng ký trong thời hạn ba mươi (30) ngày, kể từ ngày nhận đơn để xác định tính hợp lệ của đơn.

- Trường hợp hồ sơ đăng ký hợp lệ, không có sai sót, Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quyết định cấp lại bằng bảo hộ giống cây trồng ghi nhận chủ sở hữu mới là bên nhận chuyển nhượng; ghi nhận việc chuyển nhượng quyền chủ sở hữu bằng bảo hộ giống cây trồng vào Sổ đăng ký quốc gia về giống cây trồng được bảo hộ và công bố trên tạp chí chuyên ngành về giống cây trồng;

- Trường hợp hồ sơ đăng ký chưa hợp lệ, có sai sót, cơ quan bảo hộ giống cây trồng thông báo rõ các thiếu sót của hồ sơ, ấn định thời hạn ba mươi (30) ngày, kể từ ngày ký thông báo để người nộp hồ sơ sửa chữa các thiếu sót. Sau thời hạn trên, nếu người nộp hồ sơ không sửa chữa thì chấm dứt việc thẩm định hồ sơ đăng ký.