Quyền của tổ chức bảo hiểm y tế được quy định tại Điều 40 Luật Bảo hiểm y tế năm 2008 (được sửa đổi, bổ sung năm 2014 bởi Luật số 46/2014/QH13) như sau:

Thứ nhất, quyền yêu cầu người sử dụng lao động, đại diện của người tham gia bảo hiểm y tế và người tham gia bảo hiểm y tế cung cấp đầy đủ, chính xác thông tin, tài liệu có liên quan đến trách nhiệm của họ về việc thực hiện bảo hiểm y tế.

Thứ hai, có quyền kiểm tra, giám định việc thực hiện khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế; thu hồi, tạm giữ thẻ bảo hiểm y tế đối với các trường hợp quy định tại Điều 20 của Luật này.

Thứ ba, yêu cầu cơ sở khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế cung cấp hồ sơ, bệnh án, tài liệu về khám bệnh, chữa bệnh để phục vụ công tác giám định bảo hiểm y tế.

Thứ tư, có quyền từ chối thanh toán chi phí khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế không đúng quy định của Luật này hoặc không đúng với nội dung hợp đồng khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế.

Thứ năm, yêu cầu người có trách nhiệm bồi thường thiệt hại cho người tham gia bảo hiểm y tế hoàn trả chi phí khám bệnh, chữa bệnh mà tổ chức bảo hiểm y tế đã chi trả.

Cuối cùng là quyền kiến nghị với cơ quan nhà nước có thẩm quyền sửa đổi, bổ sung chính sách, pháp luật về bảo hiểm y tế và xử lý tổ chức, cá nhân vi phạm pháp luật về bảo hiểm y tế.

Trên đây là những quyền mà tổ chức bảo hiểm y tế được hưởng theo quy định tại Luật Bảo hiểm y tế năm 2008 (được sửa đổi, bổ sung năm 2014 bởi Luật số 46/2014/QH13).