Theo quy định tại khoản 3, khoản 4, khoản 5 Điều 27 Nghị định 105/2006/NĐ-CP, việc xử lý đơn yêu cầu xử lý xâm phạm được quy định như sau:

- Trong trường hợp đơn yêu cầu xử lý xâm phạm chưa đủ tài liệu, chứng cứ, hiện vật cần thiết, thì cơ quan xử lý xâm phạm yêu cầu người nộp đơn bổ sung tài liệu, chứng cứ và ấn định thời hạn hợp lý nhưng không quá ba mươi ngày để người yêu cầu xử lý xâm phạm bổ sung tài liệu, chứng cứ cần thiết.

- Trong các trường hợp sau đây, cơ quan xử lý xâm phạm từ chối yêu cầu xử lý xâm phạm, có nêu rõ lý do từ chối:

+ Hết thời hạn ấn định quy định tại khoản 3 Điều này mà người yêu cầu xử lý xâm phạm không đáp ứng yêu cầu của cơ quan xử lý xâm phạm về việc bổ sung tài liệu, chứng cứ, hiện vật có liên quan;

+ Hết thời hiệu xử lý xâm phạm theo quy định pháp luật;

+ Kết quả xác minh của cơ quan xử lý xâm phạm hoặc cơ quan công an cho thấy không có xâm phạm như mô tả trong đơn yêu cầu xử lý xâm phạm;

+ Có văn bản của cơ quan có thẩm quyền về việc không đủ căn cứ xử lý xâm phạm.

- Trong trường hợp có tranh chấp, khiếu nại về chủ thể quyền, khả năng bảo hộ, phạm vi bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ, cơ quan đã nhận đơn yêu cầu xử lý xâm phạm hướng dẫn người nộp đơn tiến hành thủ tục yêu cầu giải quyết tranh chấp, khiếu nại tại cơ quan có thẩm quyền trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày phát sinh tranh chấp.