Theo quy định tại khoản 5 Điều 170 Luật Sở hữu trí tuệ, quy trình đình chỉ hiệu lực bằng bảo hộ giống cây trồng được thực hiện như sau:

- Cơ quan quản lý nhà nước về quyền đối với giống cây trồng đăng thông báo trên tạp chí chuyên ngành và nêu rõ lý do đình chỉ, đồng thời gửi thông báo cho chủ bằng bảo hộ.

- Trong thời hạn ba mươi ngày, kể từ ngày thông báo, chủ bằng bảo hộ có quyền gửi đơn đề nghị được khắc phục các lý do bị đình chỉ cho cơ quan quản lý nhà nước về quyền đối với giống cây trồng và nộp lệ phí để phục hồi hiệu lực bằng bảo hộ giống cây trồng.

Đối với trường hợp chủ bằng bảo hộ không nộp lệ phí duy trì hiệu lực theo quy định; chủ bằng bảo hộ không cung cấp tài liệu, vật liệu nhân giống cần thiết để duy trì và lưu giữ giống cây trồng theo quy định; chủ bằng bảo hộ không thay đổi tên giống cây trồng theo yêu cầu của cơ quan quản lý nhà nước về quyền đối với giống cây trồng: trong thời hạn chín mươi ngày kể từ ngày nộp đơn, chủ bằng bảo hộ phải khắc phục những lý do bị đình chỉ. Cơ quan quản lý nhà nước về quyền đối với giống cây trồng xem xét phục hồi hiệu lực bằng bảo hộ và thông báo trên tạp chí chuyên ngành.

Đối với trường hợp giống cây trồng được bảo hộ không còn đáp ứng điều kiện về tính đồng nhất và tính ổn định như tại thời điểm cấp bằng: hiệu lực bằng bảo hộ giống cây trồng sẽ được phục hồi sau khi chủ sở hữu chứng minh được giống cây trồng đã đáp ứng các điều kiện về tính đồng nhất và tính ổn định và được cơ quan quản lý nhà nước về quyền đối với giống cây trồng xác nhận.